Characterization of footrot bacteria Dichelobacter nodosus using PCR amplification and DNA sequence analysis | Ayak çürüğü bakterisi Dichelobacter nodosus'un PCR ve DNA dizi analizi kullanarak karakterizasyonu

English. Dichelobacter nodosus is an essential causative agent of footrot in ruminants, particularly in sheep, goats and cattle. In this study, more than 100 footrot samples were collected from 4 different farming regions in New Zealand (NZ). Selective media were chosen and isolation and routine growth conditions were optimized for NZ D. nodosus serotypes. Approximately 1000 primary plates were anaerobically subcultured several times and examined with Gram staining in order to detect single colonies of D. nodosus. Both the variable region and a part of the conserved region of fimbrial subunit gene (fimA) were amplified from bacterial DNA using polymerase chain reaction (PCR). On the basis of PCR and DNA sequencing, 6 new D. nodosus isolates were identified and characterized from NZ. These sequences of D. nodosus fimA gene from NZ were genetically different from previously reported strains in the GenBank (NCBI) and commercial vaccine strains.

Turkish. Dichelobacter nodosus özellikle koyun, keçi ve inekler olmak üzere tüm geviş getiren hayvanlarda ayak çürümesi (footrot) hastalığının etkenidir. Bu çalışmada Yeni Zelanda da bulunan dört farklı çiftlik bölgesinden yüzden fazla ayak çürümesi lezyon örneği alındı. Yeni Zelanda D. nodosus serotiplerinin izolasyonu ve rutin üreyebilmesi için uygun seçici besiyerleri kullanıldı ve ortam koşulları optimize edildi. Yaklaşık bine yakın petri kabı tek D. nodosus kolonisi görülünceye kadar anaerobik koşullarda üretildi ve Gram boyama ile incelendi. Bacteriyal genomik DNA ekstratları kullanılarak fimA geninin değişken ve sabit bölümünün bir kısmı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) kullanılarak amplifiye edildi. PCR ve DNA dizi analizlerinden elde edilen sonuçlara bakılarak 6 Yeni Zelanda D. nodosus izolatı tanımlandı ve karakterize edildi. Altı yeni D. nodosus DNA dizisi, ticari aşı türlerinden ve Uluslararası Gen Bankasında (NCBI) daha önce rapor edilen diğer D. nodosus türlerinden genetik olarak oldukça farklı bulunmuştur.