Investigation of information value of the multiplex test systems for analysis of chicken with the different number of loci | Исследование информативности мультиплексных тест-систем анализа кур с различным числом локусов

English. The comparative study of two multiplex test systems for analysis of chicken microsatellites including eight ("short" type) and eleven ("long" type) loci was performed. The analysis of 100 samples of DNA derived from five chicken breeds showed the high specificity of developed systems, the number of amplified loci was 99.88 and 99.91 per cent for "short" and "long" types of test systems, respectively. The compared test systems did not differ significantly for the average number of alleles, the number of informative alleles and the number of effective alleles calculated per one loci. The decrease of probability of genotype identity with increase of number of analyzed loci was shown. The correct assignment of individuals to own populations was achieved in 100 per cent cases using the test systems of both types. The high degree of correlation of population genetic parameters calculated using eight and eleven microsatellite loci was observed, r=+0.98 (p0.999) for the average number of alleles per loci, r=+0.99 (p0.999) for the observed degree of heterozygosity, r=+0.98 (p0.999) for Fis index. The degree of intra population diversity evaluated using Rst ratio (molecular variance function - AMOVA) index was 13.1 and 11.9 per cent for "short" and "long" types of test systems, respectively. The analysis of genetic distances calculated on the base of DNA profiles of five chicken breeds using eight and eleven microsatellite loci showed the similar pattern of the phylogenetic relationships between investigated breeds (r=+0.97, p0.999).

Russian. Выполнено сравнительное исследование 2 мультиплексных тест-систем анализа микросателлитов кур, включающих 8 («короткий» тип) и 11 («длинный» тип) локусов. Изучение 100 образцов ДНК 5 пород кур показало высокую специфичность разработанных тест-систем: доля амплифицированных локусов для тест-систем «короткого» и «длинного» типов составила 99,88 и 99,91% соответственно. Сравниваемые типы тест-систем достоверно не различались по среднему числу аллелей, числу информативных аллелей и числу эффективных аллелей в расчете на один локус. При увеличении числа анализируемых локусов вероятность совпадения генотипов снижается. Отнесение особи к собственной популяции на основании результатов анализа микросателлитов достигалось в 100% случаев при использовании тест-систем обоих типов. Установлена высокая корреляция значений популяционно-генетических показателей, рассчитанных на основании результатов анализа 8 и 11 локусов микросателлитов: r=+0,98 (p0,999) – для среднего числа аллелей в расчете на локус, r=+0,99 (p0,999) – для наблюдаемой степени гетерозиготности, r=+0,98 (p0,999) – для индекса Fis. Доля межпопуляционной изменчивости, оцененная с использованием индекса Rst функции молекулярной вариансы, для системы «короткого» типа составила 13,1%, «длинного» – 11,9%. Анализ генетических дистанций, рассчитанных на основании ДНК-профилей кур пяти пород по 8 и 11 локусам микросателлитов, показал сходную картину филогенетических связей исследуемых пород (r=+0,97, p0,999).