Analyse de l’interaction entre les gènes d’avirulence AvrLm3 et AvrLm4-7 chez Leptosphaeria maculans

Leptosphaeria maculans est un champignon ascomycète responsable de la nécrose du collet du colza, principale maladie sur cette culture. La méthode de lutte la plus utilisée contre cet agent pathogène est la lutte génétique. Celle-ci repose sur l'interaction entre un gène de résistance Rlm chez la plante et un gène d'avirulence AvrLm chez le champignon. L’un d’eux, AvrLm4-7, joue un rôle important dans la fitness fongique1 et a été cloné2. Récemment, nous avons mis en évidence une corrélation négative entre les phénotypes induits par deux gènes d'avirulence, AvrLm3 et AvrLm4-73. Lorsqu'une souche possède un allèle fonctionnel du gène AvrLm4-7, le phénotype induit par AvrLm3 est masqué. En cas de contournement de la résistance Rlm7, le phénotype AvrLm3 apparait. Ceci offre des perspectives originales pour la gestion durable des résistances variétales Rlm3 et Rlm7. Afin d’élucider les mécanismes moléculaires sous-jacents à cette interaction négative, deux approches ont été menées en parallèle. D’une part, nous analysons des événements de mutation du gène AvrLm4-7 au sein de populations sélectionnées sur des génotypes de colza Rlm3 et/ou Rlm7 et présentant le phénotype simple virulent (AvrLm3-avrLm7) ou double virulent (avrLm3-avrLm7). Cette analyse a permis de mettre en évidence une mutation ponctuelle dans la protéine AvrLm4-7 qui semble spécifique aux souches double virulentes. D’autre part, nous avons initié le clonage du gène AvrLm3 par une approche de clonage positionnel classique et par des approches de génomique visant à identifier des effecteurs candidats spécifiquement exprimés chez une souche au phénotype AvrLm3, lors de phases primaires de l’infections. 40 gènes candidats ont été identifiés et sont actuellement en cours d’analyse.