Genetic characteristic of Pechora sheep using microsatellite markers | Генетическая характеристика печорских овец с помощью микросателлитных маркеров

English. A characteristic is given for the allele pool, genetic diversity of Pechora sheep and genetic relationships were determined with other sheep breeds using 11 microsatellite markers. The research was performed in the Center for Biotechnology and Molecular Diagnostics of L.K. Ernst All-Russian Institute of Animal Husbandry. Tissue of Pechora sheep (PECH, n = 50) were sampled from the genetic pool herd of the Pechora Experimental Station and one of the farms (the Komi Republic, Russia). Comparison groups were represented by Romanov (ROM, n=59), Tuvan short fat-tailed (TUV, n=50), Tsigai (TSIG, n=40), Altay mountain (ALT, n= 30) and Kuibyshev sheep (KUI, n =15). Microsatellite loci were analyzed by using ABI 3130xl genetic analyzer. Mean allele number and effective allele number per locus were 8.00±0.79 and 4.58±0.46, respectively, that was by 1.17 and 0.48 alleles less comparing to the mean values for the full sampling. Group PECH was characterized by moderate heterozygosis deficiency (9.2%). PECH sheep were genetically closest to KUI breed based on estimated Ney genetic distances and FST values: 0.106 and 0.026, respectively. The genetic clustering, performed for the most probable number of clusters k = 6 showed, that the mean value of membership in the own cluster was Q3/6 = 0.821±0.029. The values of the above-mentioned parameter in ROM, ALT, TSIG, TUV and KUI were Q2/6 = 0.827±0.037, Q6/6 = 0.763±0.039, Q5/6 = 0.665±0.041, Q4/6 = 0.491±0.054 and Q1/6 = 0.452±0.086, respectively. Analysis performed at the individual level showed, that 80% animals in PECH group were characterized by membership values in the own cluster not less than 75%. Thus, our research result indicated that Pechora sheep have their own unique allele pool and are genetically differentiated from the other sheep breeds of the same productive type. The data will be used in the breeding program for genetic improvement of Pechora sheep.

Russian. Дана характеристика аллелофонда и генетического разнообразия печорской породной группы овец, а также определены ее генетические взаимосвязи с различными породами овец по 11 микросателлитным маркерам. Работа выполнена в Центре биотехнологии и молекулярной диагностики животных Всероссийского института животноводства им. Л.К. Эрнста. Образцы тканей печорских овец (PECH, n=50) отобраны в генофондном стаде Печорской опытной станции и одном из фермерских хозяйств (Республика Коми, Россия). Для сравнения использовали овец романовской (ROM, n=59), тувинской короткожирнохвостой (TUV, n=50), цигайской (TSIG, n=40), горноалтайской (ALT, n=30) и куйбышевской (KUI, n=15) пород. Микросателлитные локусы анализировали на капиллярном генетическом анализаторе ABI 3130xl. Среднее число аллелей и число эффективных аллелей на локус в группе PECH составило 8,00±0,79 и 4,58±0,46, соответственно, что на 1,17 и 0,48 аллели меньше среднего значения во всей выборке. В группе PECH выявлен умеренный дефицит гетерозиготности (9,2%). Наибольшая генетическая близость установлена между PECH и KUI, как по дистанциям Нея, так и по значению индекса FST: 0,106 и 0,026, соответственно. Результаты генетического структурирования, выполненного для наиболее вероятного числа кластеров k=6, показали, что средняя величина членства в собственном кластере у печерских овец составила Q3/6=0,821±0,029, в то время как в группах ROM, ALT, TSIG, TUV и KUI – Q2/6=0,827±0,037, Q6/6=0,763±0,039, Q5/6=0,665±0,041, Q4/6=0,491±0,054 и Q1/6=0,452±0,086, соответственно. На индивидуальном уровне для 80% особей в группе PECH значение членства в собственном кластере Q было не менее 75%. Печорские овцы обладают собственным уникальным аллелофондом и генетически дифференцированы от овец сравниваемых групп, близких по направлению продуктивности. Полученные сведения важны для селекционно-племенной работы и дальнейшей генетической консолидации овец печорской породной группы.