Caractérisation moléculaire des champignons lignivores de la mycothèque du CIRAD-Forêt

Le laboratoire de préservation du CIRAD-Forêt possède actuellement plus de 200 souches de champignons dégradant les bois tropicaux. Certains de ces champignons sont utilisés comme référence dans les tests normalisés internationaux de durabilité des bois. La plupart des champignons de cette collection ont été déterminés entre 1952 et 1982 selon des critères anatomiques et morphologiques des sporophores. Certaines espèces sont présentes en de nombreux exemplaires (de 2 à 30) sans que l'existence potentielle d'une diversité génétique n'ait été explorée. Il est rapidement apparu que l'utilisation des techniques moléculaires (PCR/RFLP) serait très profitable pour la bonne conservation, la gestion et l'utilisation de ce patrimoine biologique principalement à deux niveaux: - être capable de déterminer une espèce uniquement à partir de mycélium végétatif; - identifier de manière précoce les champignons responsables d'attaques sur des échantillons de bois. Cela permettra à terme d'optimiser les traitements nécessaires à la durabilité des bois et par voie de conséquence cela réduira les doses de fongitoxiques dans l'environnement. Dans cette étude les techniques moléculaires ont été priviligiées pour caractériser les champignons lignivores. Es ont été caractérisés par PCR/RFLP des espaceurs transcrits (ITS), portions d'ADN ribosomiques comprise entre les gènes ribosomaux 18S et 25S comprenant l'ITS 1, l'ITS 2 et le gène de L'ADN ribosomique 5,8 S. Les amplifications ont été réalisées par PCR en utilisant les amorces ITS 1 et ITS 4. Les fragments amplifiés ont été ensuite digérés par des enzymes de restriction différentes (RFLP). Les PCR/RFLP oint été réalisées sur huit champignons lignivores très utilisés dans les tests normalisés européens de durabilité des bois. Pour certaines espèces cela a permis d'observer des différences de longueur des ITS. L'utilisation de neuf enzymes de restriction a permis d'obtenir 34 profils de restriction enzymatiques différents. Ces étapes ont permis de choisir les trois enzymes les plus discriminantes pour effectuer la caractérisation moléculaire de 103 basidiomycètes, tous des Aphyllophorales responsables de pourriture cubique et de pourriture fibreuse. (Résumé d'auteur)