Reliability of the Rapd Technique for germplasm analysis of sesame (Sesamum indicum L) from Venezuela

Spanish; Castilian. La técnica de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD) fue utilizada en dos cultivares comerciales (Fonucla y UCLA-1) y 7 líneas (UCLA-249; UCLA-295; UCLA-37-1; UCLA-65; UCLA-83; UCLA-90; UCV-2) de ajonjolí (Sesamum indicum L) obtenidas por el programa de mejoramiento genético de la Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado, Venezuela. Noventa y cuatro bandas polimórficas derivadas del uso de 12 deca-iniciadores indicaron un alto nivel de variabilidad. Tres de los iniciadores discriminaron 8 de los 9 materiales y, en combinación, pudieron resolverlos a todos. La probabilidad de que ocurrieran coincidencias idénticas fue de 5,22×10-29. El contenido de información de polimorfismo (CIP), el poder de resolución (PR) y el índice del marcador (IM) de cada iniciador no se correlacionaron de manera significativa con el número de genotipos resueltos. El coeficiente de similitud de Jaccard varió de 0,04 a 0,53. El agrupamiento realizado mediante UPGMA resultó en dos grupos principales relacionándose estrechamente con los grupos observados mediante el análisis de coordenadas principales (CP). Estos resultados demuestran que la técnica de RAPD es una herramienta útil para la identificación inequívoca de genotipos de ajonjolí y para evaluar la variabilidad de materiales genéticos usados en programas de mejoramiento genético.

English. The random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique was used to evaluate two commercial cultivars (Fonucla and UCLA-1) and 7 lines (UCLA-249; UCLA-295; UCLA-37-1; UCLA-65; UCLA-83; UCLA-90; UCV-2) of sesame (Sesamum indicum L) obtained by the breeding program of the Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado, Venezuela. Ninety four polymorphic bands using 12 random 10-mer primers indicated a high level of variability. Three primers were able to discriminate 8 out of the 9 materials and, in combination, they were able to resolve all of them. Probability of identical match by chance was 5.22×10-29. Polymorphic information content (PIC), resolving power (RP) and marker index (MI) of each primer failed to correlate significantly with number of genotypes resolved. Unique bands were observed in 6 genotypes with 9 primers. Jaccard’s similarity coefficients ranged from 0.04 to 0.53. UPGMA clustering resulted in two major groups and the genotype classification agreed closely with the grouping observed when using principal coordinates analysis (PCA). The results of the present study showed that RAPD-based fingerprinting was a useful tool to identify unequivocally the sesame genotypes and to assess the genetic variability of the breeding stocks.

Portuguese. A técnica de ADN polimórfico amplificado aleatoriamente (RAPD) foi utilizada em dois cultivares comerciais (Fonucla e UCLA-1) e 7 linhas (UCLA-249; UCLA-295; UCLA-37-1; UCLA-65; UCLA-83; UCLA-90; UCV-2) de gergelim (Sesamum indicum L) obtidas pelo programa de melhoramento genético da Universidade Centroccidental Lisandro Alvarado, Venezuela. Noventa e quatro faixas polimórficas derivadas do uso de 12 deca-iniciadores indicaram um alto nível de variabilidade. Três dos iniciadores discriminaram 8 dos 9 materiais e, em combinação, puderam resolvê-los a todos. A probabilidade de que ocorresem coincidencias idênticas foi de 5,22×10-29. O conteúdo de informação de polimorfismo (CIP), o poder de resolução (PR) e o índice do marcador (IM) de cada iniciador não se correlacionaram de maneira significativa com o número de genotipos resolvidos. O coeficiente de similitude de Jaccard variou de 0,04 a 0,53. O agrupamento realizado mediante UPGMA resultou em dois grupos principais relacionando-se estreitamente com os grupos observados mediante a análise de coordenadas principais (CP). Estes resultados demonstram que a técnica de RAPD é uma ferramenta útil para a identificação inequívoca de genotipos de gergelim e para avaliar a variabilidade de materiais genéticos usados em programas de melhoramento genético.