Le microbiote du porcelet au sevrage : influence de l’environnement d’élevage, et corrélations avec la robustesse | Microbiota of piglets at weaning: influence of rearing environment and correlations with robustness

English. This study describes variability among farms of the response of microbiota to weaning and evaluates its relation to the robustness of piglets. Faecal samples and growth data were collected just before and seven days after weaning in 288 piglets from 16 commercial farms characterised by their pathogenic status and antimicrobial use. We observed in all farms the presence of four bacterial enterotypes (E1 to E4), differing notably in their abundance of Prevotella, Faecalibacterium, Roseburia, and Lachnospira, and corresponding to a gradual maturational shift from pre- to post-weaning microbiota. After weaning, of the 1 177 operational taxonomic units (OTU) contained in the dataset, 462 and 340 had their abundance affected (P < 0.05) by the use of antimicrobials and by the health status of the herd, respectively. Animals were then classified according to their relative average daily gain (rADG) from 26 to 48 days of age. The high rADG piglets had less Oscillospira (P < 0.05) and Campylobacter (P < 0.01), and more Prevotella (P < 0.01), Coprococcus (P < 0.01) and Lachnospira (P < 0.05) after weaning, which resembled the E4 enterotype. Thus, using animals from 16 farms, we identified four ubiquitous maturation enterotypes and found that piglets that reached enterotype E4 just after weaning might be more robust. Besides antimicrobial use, the general health status of the farm has a strong influence on the early post-weaning evolution of piglet microbiota.

French. Cette étude décrit la variabilité entre élevages de l’évolution du microbiote au moment du sevrage, et évalue la relation entre cette dernière et la robustesse des porcelets. Des échantillons fécaux et des enregistrements de croissance ont été collectés juste avant et sept jours après le sevrage pour 288 porcelets issus de 16 élevages commerciaux, caractérisés pour leur statut sanitaire et leur usage d’antibiotiques. Nous avons observé dans toutes les fermes la présence de quatre entérotypes bactériens (E1 à E4), différant notamment par leur abondance de Prevotella, Faecalibacterium, Roseburia, et Lachnospira, et correspondant à des stades de maturation graduelle pré- vers post-sevrage de la flore. Après le sevrage, des 1 177 unitéstaxonomiques (OTU) contenues dans le jeu de données, 462 et 340 voyaient leur abondance respectivement influencée par l’utilisation d’antibiotiques et par le statut sanitaire de l’élevage. Les animaux ont ensuite été classés selon leur gain de poids relatif (GMQr) calculé entre 26 et 48 jours d’âge. Les porcelets à haut GMQr avaient moins d’Oscillospira (P < 0,05) et Campylobacter (P < 0,01), et plus de Prevotella (P < 0,01), Coprococcus (P < 0,01) et Lachnospira (P < 0,05) après le sevrage, ce qui s’apparentait à l’entérotype E4. Ainsi, en utilisant des animaux provenant de 16 fermes, nous avons pu identifier quatreentérotypes maturationnels ubiquitaires, et supposé que les porcelets ayant atteint l’entérotype E4 juste après le sevrage pourraient être plus robustes. Hormis l’usage d’antibiotiques, le statut sanitaire global de l’élevage a une influence importante sur l’évolution précoce du microbiote après le sevrage.