Integration of molecular information in breeding value estimation. | Intégration de l'information moléculaire dans l'évaluation génétique

French. L'évaluation génétique de reproducteurs dans les espèces d'intérêt agronomique repose depuis des années sur un modèle polygénique. Ce modèle utilise exclusivement l'information des généalogies et des phénotypes. La disponibilité de marqueurs moléculaires permettant de suivre les gènes influençant les performances, a ouvert la voie à une amélioration des évaluations. Différents modèles d'intégration de l'information moléculaire sont décrits dans la littérature, s'adaptant à l'état des connaissances et aux informations moléculaires disponibles. Ainsi, les gènes peuvent être parfaitement identifiés et l'effet de leurs allèles connu ; plus fréquemment, les gènes ne sont pas identifiés mais localisés dans une région chromosomique dite QTL, grossièrement ou finement. Une évaluation des reproducteurs intégrant des informations moléculaires a été mise en place en 2001 pour l'ensemble des trois principales races bovines laitières françaises et cette thèse présente d'abord un premier bilan de la qualité de ces évaluations, à partir de travaux de simulation et de données réelles. Ce travail présente dans un second temps les résultats obtenus dans le cadre d'un projet de cartographie fine de QTL à l'aide de marqueurs SNP à haut débit. La meilleure localisation des QTL et leur meilleur suivi permettant une évolution des modèles d'évaluation, les gains de fiabilité ainsi permis sont présentés dans une troisième partie avant de conclure sur les répercussions de ces nouvelles technologies en sélection.

English. For many years, breeding value estimation in domestic animal species has been based on the polygenic model. This model relies exclusively on pedigree and phenotypic informations. Molecular markers make it possible to follow the transmission of genes affecting phenotypes and, therefore, has opened new perspectives for evaluation improvements. Several models integrating molecular information have been described in literature, suited to the molecular information available. In some situations, the genes underlying the genetic variability of phenotypes are known, as well as their alleles and effects. More frequently, these genes are still unknown and are roughly or finely mapped in a QTL region. A breeding value evaluation with molecular information has been set up in 2001 in the three main French dairy cattle breeds. This thesis presents an overview of this original scheme and of its efficiency, based on both simulated and real data. In the next chapter, we present the results of a large scale QTL fine mapping experiment using high throughput SNP genotyping. These results have been used in a new and more efficient evaluation model described in the next chapter. Finally, the tremendous impact of these new technologies in animal breeding are discussed in the conclusion.