Caractéristiques des élevages caprins et efficacité d'utilisation digestive des fourrages chez deux races de chèvres locale (sahélienne) et importée (majorera) dans la région de Fatick (Sénégal)

French. Les enjeux des productions animales dans les pays du Sud sont d’accroître la productivité, de préserver l’environnement, de maintenir le tissu rural, de lutter contre la pauvreté et de favoriser l’intégration économique. Ces points engagent fortement la Recherche au service du développement des productions animales. Au Sénégal, des mutations du contexte agricole ont progressivement entraîné une marginalisation de l’élevage, en particulier l’élevage caprin qui impose d’identifier de nouvelles stratégies d’adaptation de cette spéculation pour lui permettre d’être productive et au service des populations. Les grands programmes de développement de l’élevage se focalisent en effet surtout sur les grands ruminants. Cependant l’Etat encourage dans le secteur des petits ruminants, en particulier les chèvres, une amélioration génétique par recours à des races non indigènes, sans aucune mesures d’accompagnement, ni organisationnelles, ni techniques. Cette thèse vise à fournir des connaissances pouvant être utilisées pour orienter les programmes d'élevage caprins et favoriser l'amélioration de la productivité des races dans les systèmes de production à faibles intrants. Elle ambitionne de mieux comprendre les systèmes d’élevage des chèvres au Sénégal, et de mener des réflexions avec les éleveurs pour proposer les voies d’améliorations du secteur, tenant compte des considérations familiales, du contexte culturel et des règlementations sociopolitiques des institutions en place. Les exigences actuelles étant celles d’un élevage productif et durable, il convenait de comparer l’efficacité alimentaire de races autochtone (Sahélienne) et importée (Majorera) afin de préciser l’allocation des nutriments entre fonctions physiologiques de production et d’adaptation en milieu contraignant de chèvre. Par conséquent quatre études ont été réalisées.La caractérisation des systèmes de production caprine d’élevages familiaux dans la région de Fatick, Sénégal, a constitué la première étude. Une enquête a été menée auprès de 45 agriculteurs dans quatre localités. Elle a révélé que les agriculteurs étaient tous des agro-pasteurs pratiquant un système d'agriculture mixte. La majorité (93 %) complémentaient leurs animaux avec des sous-produits agricoles, des ressources de l'agroforesterie et des restes de cuisine. Une analyse des correspondances multiples a permis d'identifier trois groupes : un premier, constitué de producteurs et transformateurs de lait en lait caillé traditionnel, pratiquant la vente d'animaux pour les besoins du ménage ; un second plus spécialisé de transformateurs de lait en yaourt et fromage ; et un troisième groupe, (agro-) pastoral, de vendeurs de chèvres. L’identification de pratiques d’élevage caprin liées à l’affouragement et au logement et des perspectives d’amélioration dans la même région a concerné la deuxième étude. Des enquêtes ont été menées auprès de quatre-vingt (80) éleveurs (19% d’hommes et 81% de femmes), dans cinq villages. En fonction des pratiques et objectifs associés, une analyse des composantes principales a mis en évidence trois catégories d'éleveurs surnommés « Innovateurs – lait », « Innovateurs-intermédiaire » et « Tradition ». Les deux premiers groupes sont les plus importants (32,5 et 40%, respectivement). Le premier groupe utilise les pâturages naturels, les résidus agricoles, les ligneux naturels et dispose de chèvreries. Ses membres donnent une importance particulière à ces pratiques pour atteindre des objectifs de production de lait. Le deuxième groupe privilégie les cultures fourragères et ligneuses et emploie des chèvreries, le tout associé à un objectif principal de production de fumure organique. Le troisième groupe a recours aux logements traditionnels associés à un élevage basé sur la vente d’animaux et la consommation de la viande. Toutefois, il est clairement apparu que les pratiques de logement en chèvrerie et d’alimentation à base de cultures fourragères, se rejoignent et synthétisent une volonté des éleveurs de « stabiliser » les chèvres à demeure, dans une chèvrerie proche de la maison, principalement pour protéger leurs animaux des intempéries. Les précipitations importantes lors de la saison des pluies, notamment, favorisent le développement de maladies et la mortalité, en particulier chez les jeunes.Les études 3 et 4 ont visé à apporter des éléments de conseil zootechnique aux éleveurs. Elles ont comparé la race Majorera, qui présente une bonne performance de production laitière, à la race locale, chèvre du Sahel, des points de vue de l’efficacité d’utilisation digestive de l’énergie et de l’azote d’un fourrage local, le niébé fourrager, Vigna unguiculata, variété 58/74 de l’ISRA, et de leurs relations éventuelles avec le microbiote fécal comme élément éventuel d’explication de l’efficacité digestive des chèvres.Il ressort de l’ensemble de ces résultats que les chèvres Majorera et Sahelienne présentaient des niveaux similaires d’ingestion de matière sèche (MS) ainsi que de digestibilité des nutriments. Sur la base du poids métabolique, la matière sèche ingérée, l'énergie brute ingérée, l’énergie digestible ingérée, l'énergie métabolisable, l’énergie nette ingérée, et l'énergie perdue sous forme de production de méthane étaient significativement plus élevées (p < 0,01) chez les chèvres allochtones que chez les chèvres Saheliennes. L'excrétion urinaire d'énergie était similaire (p = 0,9) entre les races, tandis que la perte d'énergie fécale était plus élevée chez les chèvres Majorera que chez les chèvres Sahéliennes. La production d'énergie laitière des chèvres Majorera était plus élevée que celle des chèvres Saheliennes (p < 0,05). Cependant, le rendement de conversion de l'énergie métabolisable en énergie nette (klm) n'a pas été affecté par la race (p = 0,37), tandis que l'ingestion d’azote, le rendement de conversion de l’azote en azote du lait et les pertes fécales en azote, relativement au poids métabolique, étaient significativement plus élevés (p < 0,05) chez les chèvres Majorera que chez les chèvres Saheliennes. Par contre, la fraction d’azote alimentaire excrété dans l'urine était plus élevée chez les animaux de race Sahelienne. Le facteur de race n'a eu aucun effet sur la rétention d'azote, la digestibilité de l'azote, l'azote urinaire et l'efficacité d'utilisation de l'azote. Le profilage de l'amplicon du gène de l'ARN ribosomique 16S a montré que l'abondance relative des phyla dans le microbiote fécal était similaire entre les races, mettant en évidence la dominance des phyla firmicutes représentant 94,4 % des séquences totales, suivis par les Actinobactéries avec 3,7 % des séquences. Les bacteroidetes représentaient 0,7 % des séquences totales. Les proportions de Lactobacillales, Erysipelotrichales et Bifidobactéries étaient plus élevées chez les chèvres Majorera que chez les chèvres Saheliennes (p ≤ 0,05), à l’opposé des Elusimicrobiens (p ≤ 0,04). Aucun effet significatif de la race sur la diversité bactérienne n'a été observé (R-ANOSIM = 0,198 ; P = 0,082). Cependant, sur les 284 genres identifiés dans nos échantillons, huit (08) genres de bactéries ont montré une différence entre races, à savoir les genres Atopostipes, Bifidobacteriacea_ge, Defluviitaleacea-UCG-011, Enteractinicoccus, Lachnospiraceae-UCG-008, Muribaculaceae_ge et Roseburia étaient significativement plus représentés chez les animaux de racce allochtone (p = 0,037), à l’opposé de Bacillus (p = 0,045). En conclusion, les chèvres des deux races étaient similaires en termes d'efficacité énergétique et d'utilisation de l'azote, malgré une production laitière quotidienne et une consommation de matière sèche plus élevées chez les chèvres Majorera. Les chèvres étaient également similaires en termes de digestibilité de l’énergie et de l’azote, et de microbiote fécal.En conclusion, la race Majorera est vraisemblablement plus dépendante d’une alimentation plus riche en énergie que la race Sahélienne comme le suggère un métabolisme basal supérieur.

English. The challenges of animal production in Southern countries are to increase productivity, preserve environment, maintain rural manufacturing, fight against poverty and promote economic integration. These points strongly commit Research to development of animal production. In Senegal, changes in the agricultural context have gradually led to marginalisation of livestock farming, in particular goat farming, and this makes it necessary to identify new strategies for adapting this speculation in order to be productive and at the service of the population. Major livestock development programs focus mainly on large ruminants. However, in the small ruminant sector, particularly goats, the State encourages genetic improvement using non-indigenous breeds, without any accompanying measures, either organisational or technical. The aim of this thesis is to provide knowledge that could be used to guide goat breeding programs and to promote improved breed productivity in low-input production systems. It aims to gain better understanding of goat farming systems in Senegal, and to work with farmers to propose ways to improve the sector, taking into account family considerations, cultural context and socio-political regulations of the Institutions. As the current requirements are those of productive and sustainable livestock production, it was necessary to compare the feed efficiency of indigenous (Sahelian) and imported (Majorera) breeds in order to highlight the allocation of nutrients between the physiological functions of production and adaptation in a constrained goat environment. Therefore four studies were carried out. The first study was the characterisation of goat production systems on family farms in the area of Fatick, Senegal. A survey was conducted among 45 farmers in four localities. It revealed that the farmers were all agro-pastoralists practising a mixed farming system. The majority (93%) supplemented their animals with agricultural by-products, agroforestry resources and kitchen scraps. A multiple correspondence analysis identified three groups: a first group, consisting of producers and processors of milk into traditional curdled milk, practising the sale of animals for household needs; a second, more specialised group of milk processors into yoghurt and cheese; and a third, (agro) pastoral group of goat sellers.Identification of goat husbandry practices related to feeding and housing and prospects for improvement in the same area was the focus of the second study. Surveys were conducted among eighty (80) herders (19% male and 81% female) in five villages. Based on the associated practices and objectives, an analysis of the main components revealed three categories of herders: "Innovators - Milk", "Innovators - Intermediate" and "Tradition". The first two groups were the largest (32.5 and 40%, respectively). The first group used natural pastures, agricultural residues, and natural woodland and raised goat herds. Its members gave particular importance to these practices to achieve milk production targets. The second group favoured fodder and woody crops and employed goat farm, all associated with a main objective of organic manure production. The third group used traditional housing combined with livestock farming based on sale of animals and meat consumption. However, it appeared that goat housing and feeding practices based on fodder crops were similar and highlighted herders wishes to "stabilise" the goats permanently, close to the house, mainly to protect their animals from bad weather. Heavy rainfall during rainy season, in particular, favours diseases and mortality, especially among young animals.Studies 3 and 4 aimed to provide zootechnical advice to livestock farmers. They compared the Spanish breed Majorera, which has a good performance in milk production, with the local breed, Sahelian goat, on dietary efficiency of energy and nitrogen of a locally available resource, cowpea haulm, Vigna unguiculata, variety 58/74, and their possible relationships with faecal microbiota.The results showed that the Majorera and Sahelian goats had similar levels of dry matter (DM) intake and nutrient digestibility. On the basis of metabolic weight, intake of dry matter, gross energy, digestible energy, metabolisable energy and net energy , and energy lost as methane production were significantly higher (p < 0.01) in the non-native goats than in the Sahelian goats. Urinary excretion of energy was similar (p = 0.9) between breeds, while the loss of faecal energy was higher in Majorera than in Sahelian goats. The milk energy production of Majorera goats was higher than that of Sahelian goats (p < 0.05). However, the conversion yield from metabolisable energy to net energy (klm) was not affected by breed (p = 0.37), while nitrogen intake, milk nitrogen to nitrogen conversion yield and faecal nitrogen losses, relative to metabolic weight, were significantly higher (p < 0.05) in Majorera goats than in Sahelian goats. In contrast, the fraction of dietary nitrogen excreted in urine was higher in Sahelian animals. Breed factor had no effect on nitrogen retention, nitrogen digestibility, urine nitrogen and nitrogen utilization efficiency. Amplicon profiling of the 16S ribosomal RNA gene showed that the relative abundance of phyla in the faecal microbiota was similar between breeds, highlighting the dominance of phyla firmicutes with 94.4% of the total sequences, followed by Actinobacteria with 3.7% of the sequences. Bacteroidetes represented 0.7% of the total sequences. The proportions of Lactobacillales, Erysipelotrichales and Bifidobacteria were higher in Majorera goats than in Sahelian goats (p ≤ 0.05), in contrast to Elusimicrobials (p ≤ 0.04). No significant effect of breed on bacterial diversity was observed (R-ANOSIM = 0.198; P = 0.082). However, out of the 284 genera identified in our samples, eight (08) genera of bacteria showed breed difference, i.e, the genera Atopostipes, Bifidobacteriacea_ge, Defluviitaleacea-UCG-011, Enteractinicoccus, Lachnospiraceae-UCG-008, Muribaculaceae_ge and Roseburia were significantly more represented in animals of allochthonous race (p = 0.037), as opposed to Bacillus (p = 0.045). In conclusion, goats of both breeds were similar in terms of energy efficiency and nitrogen use, despite higher daily milk production and dry matter consumption in Majorera goats. The goats were also similar in terms of energy and nitrogen digestibility and faecal microbiota.In conclusion, the Majorera breed is likely to be more dependent on a high nergy diet than the Sahelian breed as suggested by a higher basal metabolism.