Поиск новых SSR-локусов ДНК для создания эффективной технологии генотипирования сои | Search of the new SSR-loci of DNA for development of effective technology for soybean genotyping

Russian. Соя – основная белковомасличная культура, имеющая большое экономическое значение. В настоящее время для характеристики новых сортов, заявленных на выдачу патента, все больше применяют современные методы, основанные на анализе микросателлитных (SSR) локусов ДНК. Цели исследования: провести поиск новых микросателлитных маркеров для оптимизации существующей технологии идентификации и паспортизации сортов сои, а также подобрать условия проведения ПЦР с ними и апробировать методику на 20 сортах мировой коллекции ВИР, репродуцированных в условиях Краснодарского края. Из литературных источников и библиотечных баз данных были выбраны семь микросателлитных локусов, показавших высокий уровень полиморфизма на образцах сои и локализованных в разных хромосомах. Были подобраны экспериментальным путем оптимальные температуры отжига для всех пар SSR-праймеров. Результаты амплификации ДНК 20 генотипов сои показали, что все семь изученных SSR-локусов полиаллельны. В целом было выявлено 22 аллеля, что в среднем составило 3,1 на локус. Эффективное число аллелей Ne для изученных генотипов сои варьировало от 1,69 до 2,27 и в среднем составило 2,01. Среднее значение индекса полиморфного информационного содержания (PIC) - 0,50. Все изученные образцы сои имеют уникальные наборы аллелей по изученным локусам. Установлено, что семь апробированных в исследовании локусов могут быть использованы при создании эффективной технологии для идентификации и паспортизации генотипов сои.

English. Soybean is the major protein-oil crop of a huge economic importance. Currently, to describe the new cultivars being applied for a patent there are used the modern methods based on an analysis of DNA microsatellite (SSR) loci. The purposes of this work were a search of the new microsatellite markers to optimize the existing technology of soybean cultivars certification and identification as well as selection optimal PCR analysis conditions and testing the new techique on 20 cultivars from the VIR world collection of plant genetic resources. Seven microsatellite loci demonstrated the high polymorphism level on soybean cultivars and located in the different chromosomes were chosen in the literary sources and librarian data bases. The optimal temperatures for annealing were selected empirically for all the pairs of SSR-markers. The results of DNA amplification of 20 soybean genotypes showed all seven studied SSR-loci were polyallel. In general, we revealed 22 alleles that on average are 3.1 per a locus. The effective allele number Ne for the studied soybean genotypes varied from 1.69 to 2.27 and on average was equal to 2.01. An average level of an index of the polymorphic information content (PIC) was 0.50. All the soybean cultivars examined have the unique sets of alleles by the studied loci. Seven approbated loci can be used in development of an effective technology for identification and certification of soybean genotypes.