PCR-assisted RFLP analysis of 18S rDNA gene fragments to distinguish vesicular-arbuscular mycorrhizal fungi

English. Vesicular-arbuscular mycorrhizal (VAM) fungi from soil samples are difficult to identify and classify, due to the nature of VAM fungi which are to date unculturable in the absence of host plants. Development of molecular probes is a promising choice to enable better identification. Polymerase chain reaction (PCR)-assisted restriction fragment length polymorphisms (RFLP) analysis provided promising results for the identification of four VAM fungi, i.e., Scutellospora calospora, Gigaspora margarita, Glomus intraradices, and Glomus sp. 'City beach' WUM 16. Restriction patterns of the 1800 bp fragment of the 18S rDNA gene amplified using VANS 1 -NS 8 primer combination produced by Sau3A I and SalI digestions showed variation between the four fungi tested. Furthermore, restriction digestion of the 550 bp fragment of the 18S rDNA gene amplified using VANS 1 - NS 21 primers produced similar banding pattern among the VAM fungi tested

unknown. Identifikasi dan klasifikasi jamur mikoriza vesikuler-arbuskuler (MVA) yang berasal dari sampel tanah sulit dilakukan, karena sifat jamur MVA yang sampai saat ini tidak dapat dibiakkan di luar tanaman inangnya. Pengembangan probe molekuler merupakan pilihan yang tepat untuk identifikasi yang lebih baik. Analisis restriction fragment length polymorphisms (RFLP) pada produk amplikasi polymerase chain reaction (PCR) memberikan hasil yang cukup baik untuk proses identifikasi empat spesies jamur MVA, yaitu Scutellospora calospora, Gigaspora margarita, Glomus intraradices, dan Glomus sp. 'City Beach' WUM 16. Pola restriksi pada fragmen gen 18S rDNA berukuran 1800 bp yang digandakan dengan menggunakan pasangan primer VANS 1 - NS 8 dari digesti Sau3A I dan SalI menunjukkan adanya polimorfisme atau variasi di antara empat jamur tersebut. Selanjutnya, pada fragmen 550 bp dari gen 18S rDNA yang digandakan dengan menggunakan kombinasi primer VANS 1-NS 21 menunjukkan pola RFLP yang sama atau seragam di antara empat jamur yang diuji