Diversity of the bacterial community attached to the rumen epithelium : effect of the diet | Etude de la diversité spécifique des bactéries attachées à la paroi du rumen : effet du régime alimentaire

Diplôme : Dr. d'Université

English. Bacteria attached to the rumen epithelium (epimural community) represent only 1% of the total rumen microbial biomass. Information on this community is scarce. However, it could play an important role in rumen function. The purpose of this thesis was to improve our knowledge of this community by studying its diversity by PCR-DGGE. We have shown that, irrespective of diet and animal species, this community was 1) homogeneous between different epithelial sampling sites for the same animal but 2) variable between animals, and 3) different from the bacterial communities present in rumen contents, suggesting specific roles for these epithelial bacteria. Contrary to the rumen content bacterial communities, epithelial bacteria were not affected by diet in up to two months trials.

French. Les bactéries attachées à la paroi du rumen, également appelées communauté épimurale, ne représente que 1% de la biomasse microbienne totale du rumen. Cette communauté a été très peu étudiée jusqu'à présent, mais elle pourrait néanmoins jouer un rôle important dans le fonctionnement du rumen. L'objectif de notre travail a été de mieux connaître ces bactéries attachées à la paroi du rumen en étudiant leur diversté par PCR-DGGE. Nous avons ainsi montré que, quels que soient le régime et l'espèce animale étudiés, la diversité de cette communauté bactérienne était 1) similaire entre tous les sites de prélèvements épithéliaux, 2) variable entre individus et 3) différente de la diversité des communautés bactériennes du contenu ruminal lui suggérant des rôles spécifiques. Contrairement aux bactéries du contenu ruminal dont la diversité change avec la composition du régime alimentaire, celle des bactéries épithéliales semble stable à moyen terme (2 mois).