Struktur Populasi dan Keragaman Genetik Kerang Kima (Cardiidae: Tridacninae) di Perairan Kepulauan Kei Maluku

Kima merupakan biota laut yang penting secara ekologis di ekosistem terumbu karang. Biota laut ini mengalami tekanan antropogenik di sebagian besar wilayah di Indonesia. Oleh karena itu, penelitian tentang struktur populasi dan keragaman genetik kima di Perairan Kepulauan Kei perlu dilakukan dalam rangka menunjang upaya pengelolaan konservasi sumberdaya kima. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis struktur populasi kima, keragaman genetika kima Tridacna crocea dan menggambarkan implikasinya terhadap konservasi kima di Kepulauan Kei. Pengambilan data populasi kima dilakukan menggunakan garis transek kuadrat pada bulan September-Desember 2017 di sembilan titik di kawasan Kepulauan Kei, (yaitu Dar 1, Dar 2, Pulau Kur, Pulau Tanimbar Kei, Pulau Adranan, Pulau Dullah Laut, Difur, Labetawi, dan Ohoidertoom). Sampel T. crocea dikumpulkan dari enam lokasi yaitu Pulau Kur, Pulau Dulah Laut, Pulau Tanimbar Kei, Dar, Labetawi, dan Difur. Proses analisis sampel dilakukan dengan ekstraksi, Polymerase Chain Reaction (PCR), elektroforesis dan sekuensing DNA. Hasil penelitian ditemukan 5 jenis kima berdasarkan pengamatan morfologi yaitu Tridacna crocea, T. maxima, T. squamosa, T. noae, and Hippopus hippopus. Penelitian ini melaporkan catatan baru untuk T. noae yang sebelumnya tidak diketahui ada di wilayah tersebut. Kepadatan populasi kima secara keseluruhan adalah 428 individu/ha. Fase juvenil ditemukan jumlahnya lebih sedikit dibandingkan jumlah individu pada fase dewasa. Rendahnya jumlah individu yang ditemukan pada fase juvenil menunjukkan bahwa tingkat kelangsungan hidup atau proses rekruitmen rendah. Sebagian besar individu ditemukan hidup di substrat alga karang mati (75%). Analisis sekuens mitokondria (mt) DNA T. crocea menghasilkan 477 pasangan basa, yang berisi 42 haplotipe dengan jumlah total 52 situs polimorfik. Keragaman nukleotida (Pi) adalah 0,009 ± 0,001 dan keanekaragaman haplotipe (Hd) adalah 0,942 ± 0,013, menunjukkan bahwa keragaman genetik populasi sangat tinggi. Struktur populasi menunjukkan kedekatan genetik karena aliran gen antara kedua T. crocea. Nilai jarak genetik antar populasi T. crocea sangat rendah yaitu 0,008-0,011. Analisis haplotipe menunjukkan konektivitas di antara populasi T. crocea yang ditunjukkan adanya pola aliran gen di setiap populasi. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi kima di Kepulauan Kei terancam, ditandai oleh kepadatan populasi yang rendah dan kepunahan lokal untuk spesies T. gigas dan T. derasa. Rekomendasi dari penelitian adalah membangun kawasan perlindungan kima dengan menerapkan sasi laut dengan jangka waktu minimal 5 tahun. Keragaman genetik yang tinggi dan informasi wilayah dengan populasi “Source” dapat dimanfaatkn untuk menetapkan rencana pengelolaan konservasi kima secara efektif