Search for polymorphisms in Stavropol breed rams using Illumina 600K BeadChip to develop a genotyping panel using sequencing using AgriSeq technology | Поиск полиморфизмов у баранов ставропольской породы с использованием Illumina 600K BeadChip для разработки панели генотипирования секвенированием по технологии AgriSeq

English. Despite a large number of studies, methods of genomic and marker-associated selection are still not used in sheep breeding at an economically significant level. One of the important directions is the identification of genomic loci associated with indicators of interbreed variability, which can also be used as markers of animal breed. The research purpose is to search for polymorphisms in the Stavropol breed rams using Illumina 600K BeadChip biochips for the subsequent development of a panel for genotyping by sequencing using AgriSeq technology. The object of the study was rams aged 12 months (n=50). Primary processing of the results and their analysis, determination of the frequency of occurrence of polymorphisms, and assessment of the distribution of SNPs across genomic regions were performed in the Genome Studio 2.0 programme. The genome assembly Ovis_Aries_3.1 was used for SNP mapping. Single nucleotide polymorphisms were identified with a frequency of occurrence of homozygotes, both common and mutant variants, in the range of 0.2850-0.3149. Heterozygous variants of these substitutions were observed with a frequency of 0.381± 0.011. A total of 573 polymorphisms met the selected criteria. The detected SNPs were located along the entire length of the genotyped DNA region. The largest number of them were on chromosomes 1, 2, 3, 5 and X. The fewest polymorphisms were detected on chromosomes 18, 20, 21 and 24. The established set of substitutions will make it possible to effectively accurately identify animals in the process of breeding work, to take into account inbreeding in the population, etc. The proposed set of SNPs can be recommended for use in genotyping by next generation sequencing and customisation of SNP biochips.

Russian. Несмотря на достаточно большое количество исследований, методы геномной и маркер-ассоциированной селекции до сих пор не применяют в овцеводстве на хозяйственно значимом уровне. Одно из важных направлений – выявление локусов генома, связанных с показателями межпородной изменчивости, которые также можно будет использовать в качестве маркеров породной принадлежности животных. Цель исследований – поиск полиморфизмов у баранов ставропольской породы с использованием биочипов Illumina 600K BeadChip для последующей разработки панели для генотипирования секвенированием по технологии AgriSeq. Объектом исследования служили баранчики в возрасте 12 месяцев (n=50). Первичную обработку результатов и их анализ, определение частоты встречаемости полиморфизмов, оценку распределения SNP по регионам генома выполняли в программе Genome Studio 2.0. Для картирования SNP использовали сборку генома Ovis_Aries_3.1. Выявлены однонуклеотидные полиморфизмы с частотой встречаемости гомозигот, как распространенных, так и мутантных вариантов в диапазоне 0,2850…0,3149. Гетерозиготные варианты этих замен отмечали с частотой 0,381± 0,011. Всего выбранным критериям полиморфизмов соответствовало 573. Обнаруженные SNP были расположены по всей длине генотипируемой области ДНК. Наибольшее их количество находилось на 1, 2, 3, 5 и Х хромосомах. Меньше всего полиморфизмов выявлено на 18, 20, 21 и 24 хромосомах. Установленный набор замен позволит эффективно точно идентифицировать животных в процессе селекционной работы, проводить учет инбридинга в популяции и др. Предложенный набор SNP можно рекомендовать для использования в генотипировании секвенированием нового поколения и кастомизации SNP-биочипов.