Association between molecular genetics markers CAPN-1, CAST and growth traits in Brahman cattle in Costa Rica. | Asociación entre marcadores genéticos CAPN-1, CAST y características de crecimiento en ganado brahman en Costa Rica

English. The objective of this study was to evaluate the presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in μ-calpaine (CAPN-1) and calpastatina (CAST) genes associated with beef tenderness, and related to the presence of these genes with the expected progeny differences (EPDs) for growth characteristics. The blood samples (n= 82) were collected from Brahman male̓s bulls registered belonging to 7 farms, located at 4 geographic regions of Costa Rica. All males were included in the breeding program for beef cattle, managed by Corporación Ganadera (CORFOGA). The blood samples were analyzed at the molecular biology laboratory of Technological Institute of Costa Rica, San Carlos Headquarters. The presence of SNPs CAPN316, CAPN4751 (CAPN-1 gene) and CAST2959 (CAST gene) were analyzed. The allele frequencies in CAPN316 were estimated for C (0.006), G (0.994) and for genotypes CC (0.000), CG (0.013) and GG (0.987). The genetic marker CAPN4751 showed allele frequencies for C (0.165), T (0.835), as well as genotype frequencies of CC (0.025), CT (0.279) and TT (0.666). The single-nucleotide polymorphisms CAST2959 showed allele frequencies for A (0.667), G (0.333), and genotypic for AA (0.432), AG (0.469) and GG (0.099). A low frequency in CAPN316 of favorable C allele was determined, however, a more equilibrated frequency in CAPN4751 and CATS2959 was observed. In the association analysis between favorable SNPs and EPDs, a weak association was found, or even lack of correlation.

Spanish; Castilian. El objetivo de este estudio fue evaluar la presencia de polimorfismos de nucleótido simple (SNP´s) en genes de μ-calpaína (CAPN-1) y calpastatina (CAST) asociados a atributos de terneza en carne bovina y relacionar la presencia de estos genes con las diferencias esperadas de progenie (DEP´s) para características de crecimiento. Se recolectaron muestras de sangre (n = 82) de machos reproductores Brahman de registro, pertenecientes a 7 haciendas, ubicadas en 4 regiones geográficas de Costa Rica. Todos los individuos se encontraban incluidos en el programa de mejoramiento genético de bovinos de carne, dirigido por la Corporación Ganadera (CORFOGA). Las muestras de sangre fueron analizadas en el laboratorio de biología molecular del Instituto Tecnológico de Costa Rica, Sede San Carlos. Se analizó la presencia de los SNP´s CAPN316, CAPN4751 (gen CAPN- 1) y CAST2959 (gen CAST). Se estimaron las frecuencias alélicas en CAPN316 para C (0,006), G (0,994) y genotipos CC (0,000), CG (0,013) y GG (0,987). El marcador CAPN4751 presentó frecuencias alélicas para C (0,165), T (0,835), así como frecuencias genotípicas de CC (0,025), CT (0,279) y TT (0,696). El polimorfismo de nucleótido simple CAST2959 presentó frecuencias alélicas para A (0,667), G (0,333), y genotípicas para AA (0,432), AG (0,469) y GG (0,099). Se observó una baja frecuencia del alelo favorable C del gen CAPN316, sin embargo, se observó una distribución de frecuencias alélicas más equilibrada en CAPN4751 y CAST2959. En el análisis de asociación entre SNP´s favorables y DEP´s, se encontraron asociaciones muy débiles o incluso ausencia de correlación.