Population Genome Sequencing of the Scab Fungal Species Venturia inaequalis, Venturiapirina, Venturia aucupariae and Venturia asperata
2019
Le Cam, Bruno | Sargent, Dan | Gouzy, Jerome | Amselem, Joëlle | Bellanger, Marie-Noëlle | Bouchez, Olivier | Brown, Spencer | Caffier, Valérie | de Gracia Coquerel, Marie | Debuchy, Robert | Duvaux, Ludovic | Payen, Thibaut | Sannier, Mélanie | Shiller, Jason | Collemare, Jérôme | Lemaire, Christophe | Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) ; Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST | Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Unité de Recherche Génomique Info (URGI) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET) ; Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; 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Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Différenciation sexuée et méiose chez les champignons (DSMC) ; 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France Genomique National infrastructure : ANR-10-INBS-09 ; France-BioImaging : ANR-10-INBS-04-01 ; Labex "Saclay Plant Science" : ANR-11-IDEX-0003-02 | ANR-11-IDEX-0003,IPS,Idex Paris-Saclay(2011)
International audience
Show more [+] Less [-]English. The Venturia genus comprises fungal species that are pathogens on Rosaceae host plants, including V. inaequalis and V. asperata on apple, V. aucupariae on sorbus and V. pirina on pear. Although the genetic structure of V. inaequalis populations has been investigated in detail, genomic features underlying these subdivisions remain poorly understood. Here, we report whole genome sequencing of 87 Venturia strains that represent each species and each population within V. inaequalis We present a PacBio genome assembly for the V. inaequalis EU-B04 reference isolate. The size of selected genomes was determined by flow cytometry, and varied from 45 to 93 Mb. Genome assemblies of V. inaequalis and V. aucupariae contain a high content of transposable elements (TEs), most of which belong to the Gypsy or Copia LTR superfamilies and have been inactivated by Repeat-Induced Point mutations. The reference assembly of V. inaequalis presents a mosaic structure of GC-equilibrated regions that mainly contain predicted genes and AT-rich regions, mainly composed of TEs. Six pairs of strains were identified as clones. Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) analysis between these clones revealed a high number of SNPs that are mostly located in AT-rich regions due to misalignments and allowed determining a false discovery rate. The availability of these genome sequences is expected to stimulate genetics and population genomics research of Venturia pathogens. Especially, it will help understanding the evolutionary history of Venturia species that are pathogenic on different hosts, a history that has probably been substantially influenced by TEs.
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Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique