Standards in plant flow cytometry: an overview, polymorphism and linearity issues | Стандарты в проточной цитометрии растений: обзор, вопросы полиморфизма и линейности

English. This article presents a brief review of the main plant species used as standards in flow cytometry. Their linearity was assessed by direct measurements during one year in greenhouse and field conditions. DNA content values were measured at two currently accepted values – based on the human (7.0 pg) and rice (0.795 pg) genomes. It was found that among the DNA content values of human genome-based standards, the DNA content values of Raphanus sativusand Solanum lycopersicum were not linear. Among the rice genome-based standards, deviations from linearity were found for the genome sizes of Pisum sativum, Vicia faba and Allium cepa. Our direct measurements of DNA content based on rice genome size for commonly used standards such as barley, rye, maize and many others are reported in this paper for the first time. It is found that the non-linearity is mainly related to the genome size value of the primary standard, instrumental variation and polymorphism of the DNA content of the standards. Using multiple standards, some perennial plant species were investigated, which could potentially be used as standards due to low DNA content polymorphism and ease of use. The paper examines in detail the peculiarities of the use of standards and highlights some methodological aspects that ensure the accuracy of data in plant flow cytometry.

Russian. В статье представлен краткий обзор основных видов растений, используемых в качестве стандартов в проточной цитометрии. Проведена оценка их линейности на основе прямых измерений в течение года в условиях теплицы и открытого грунта. Значения содержания ДНК измерены в двух общепринятых в настоящее время значениях – на основе геномов человека (7,0 пг) и риса (0,795 пг). Выявлено, что среди значений содержания ДНК стандартов на основе генома человека, не линейны значения содержания ДНК у Raphanussativus и Solanum lycopersicum. В числе стандартов на основе генома риса выявлены отклонения в линейности для размеров геномов Pisum sativum, Vicia faba и Allium cepa. В работе впервые приведены наши прямые измерения содержания ДНК на основе размера генома риса для часто используемых стандартов, таких как ячмень, рожь, кукуруза и многих других. Выявлено, что нелинейность в основном связана со значением размера генома первоначального стандарта, инструментальными вариациями и полиморфизмом содержания ДНК стандартов. С помощью множественных стандартов исследованы некоторые виды многолетних растений, которые потенциально возможно использовать в качестве стандарта ввиду низкого полиморфизма содержания ДНК и удобства использования. В статье подробно исследованы особенности использования стандартов, а также акцентированно внимание на некоторых методических аспектах, обеспечивающих точность данных в проточной цитометрии растений.