Desenvolvimento de marcadores microssatélites: painel de primers para Leiarius marmoratus através de sequenciamento de próxima geração.

A Leiarius marmoratus, denominada popularmente como “jundiá-da-amazônia”, apresenta grande potencial aquícola em programas de melhoramento genético para aumento de desempenho zootécnico relacionado ao vigor híbrido. Estações de piscicultura têm explorado comercialmente o híbrido “pintado-da-amazônia” obtido pelo cruzamento fêmea Pseudoplatystoma punctifer x macho Leiarius marmoratus. Desse modo, investigações genômicas são cruciais para maior exploração de L. marmoratus para desenvolvimento de pacotes tecnológicos. Assim, objetivou-se desenvolver marcadores microssatélites e desenho de primers para L. marmoratus como ferramenta para estudos populacionais e de melhoramento genético. Inicialmente, amostra de DNA de alto peso molecular foi submetida ao sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina, utilizando o sistema HiSeqTM. O produto do sequenciamento foi avaliado pelo programa FastQC, a filtragem de dados foi realizada para controle de qualidade utilizando o trimommetc. A montagem de novo do genoma realizada nos programas SOAPdenovo2 e SPADES, cuja qualidade dos produtos gerados foi verificada pelo programa QUAST. Para identificação dos marcadores microssatélites, foi utilizado o software MISA e o software EasySSR, por fim foi utilizado o BatchPrimer3 para o desenho de primers com os parâmetros deflow do programa. Diante disso, foi obtido uma montagem com 225.027 contigs, um total de 221.273 motivos de SSRS identificados pelo MISA, com maior frequência de pentanucleotídeos, se diferenciando do programa EasySSR que obteve 145.601 microssatélites, com predominância de dinucleotídeos, obtendo também 590 pares primers bem-sucedidos. Comprovando a excelente utilidade de metodologias moleculares, para a obtenção de ferramentas biotecnológicas como os SSRs, contribuindo em estudos de genética de populações, no controle da variabilidade genética, mapeamento, análise genômica e comparativa.

Leiarius marmoratus, popularly known as “Amazon jundiá”, has great aquaculture potential in genetic improvement programs to increase zootechnical performance related to hybrid vigor. Fish farming stations have commercially exploited the hybrid “pintado da-amazonia” obtained by crossing female Pseudoplatystoma punctifer x male Leiarius marmoratus. Therefore, genomic investigations are crucial for further exploration of L. marmoratus for the development of technological packages. Thus, the objective was to develop microsatellite markers and design primers for L. marmoratus as a tool for population studies and genetic improvement. Initially, a high molecular weight DNA sample was submitted to next generation sequencing by the Illumina platform, using the HiSeqTM system. The sequencing product was evaluated by the FastQC program, data filtering was performed for quality control using trimommetc. The de novo assembly of the genome was carried out in the SOAPdenovo2 and SPADES programs, the quality of the products generated was verified by the QUAST program. To identify the microsatellite markers, the MISA software and the EasySSR software were used; finally, BatchPrimer3 was used to design primers with the program's flow parameters. Therefore, an assembly with 225,027 contigs was obtained, a total of 221,273 SSRS motifs identified by MISA, with a higher frequency of pentanucleotides, differentiating from the EasySSR program which obtained 145,601 microsatellites, with a predominance of dinucleotides, also obtaining 590 successful primer pairs. successful. Proving the excellent usefulness of molecular methodologies for obtaining biotechnological tools such as SSRs, contributing to population genetic studies, controlling genetic variability, mapping, genomic and comparative analysis.