Deciphering the Wisent Demographic and Adaptive Histories from Individual Whole-Genome Sequences
2016
Gautier, Mathieu | Moazami-Goudarzi, Katayoun | Levéziel, Hubert, H. | Parrinello, Hugues | Grohs, Cécile | Rialle, Stéphanie | Kowalczyk, Rafał | Flori, Laurence | Institut de Biologie Computationnelle (IBC) ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) | Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech | Unité de Génétique Moléculaire Animale (UMR GMA) ; Université de Limoges (UNILIM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | BioCampus (BCM) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX) ; Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Mammal Research Institute ; Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences = Académie polonaise des sciences (PAN) | Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB) | Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Animal Genetics Department Grant (AFROSEQ project)
International audience
Show more [+] Less [-]English. As the largest European herbivore, the wisent (Bison bonasus) is emblematic of the continent wildlife but has unclear origins. Here, we infer its demographic and adaptive histories from two individual whole-genome sequences via a detailed comparative analysis with bovine genomes. We estimate that the wisent and bovine species diverged from 1.7 Â 10 6 to 850,000 years before present (YBP) through a speciation process involving an extended period of limited gene flow. Our data further support the occurrence of more recent secondary contacts, posterior to the Bos taurus and Bos indicus divergence ($150,000 YBP), between the wisent and (European) taurine cattle lineages. Although the wisent and bovine population sizes experienced a similar sharp decline since the Last Glacial Maximum, we find that the wisent demography remained more fluctuating during the Pleistocene. This is in agreement with a scenario in which wisents responded to successive glaciations by habitat fragmentation rather than southward and eastward migration as for the bovine ancestors. We finally detect 423 genes under positive selection between the wisent and bovine lineages, which shed a new light on the genome response to different living conditions (temperature, available food resource, and pathogen exposure) and on the key gene functions altered by the domestication process.
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Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique