Functional role of genes in ROH sites in Czech Golden chickens | Функциональная роль генов в ROH островках у кур породы Чешская Золотистая

English. Modern technologies make it possible to identify homozygous chromosome regions that have arisen because of animal breeding. The results from genotyping chickens using the Illumina Chicken 60KSNP iSelect Bead Chip are presented. For the first time, a genome-wide analysis of the extended homozygous SNP sequences (ROH) was performed in the genome of Czech Gold hens. The study involved 16 Czech Gold hens randomly selected from the population. The average number of ROH segments in the chicken genome was 143 ± 8. It has been established that they tend to be randomly distributed in chromosomes. Based on the data obtained, it is proposed to prohibit the use of permitted heterozygous SNPs in ROH segments to prevent overestimation of the results of ROH analysis. The average inbreeding coefficient in Czech Gold hens calculated from ROH data was 0.34 ± 0.03. ROH islands were found in chromosomes 2, 3, 9 and 22. They contain genes associated with immunity, degradation of neurons, Fabricius bursa weight, obesity, feather pigmentation, and regulation of heat shock genes. In the Czech Gold hens, selection and its accompanying inbreeding have influenced the genes involved in the biological processes listed above.

Russian. Современные технологии позволяют идентифицировать гомозиготные районы хромосом, возникающие в результате селекции животных. Представлены результаты, полученные при генотипировании кур с использованием чипа Illumina Chicken 60KSNP iSelect Bead Chip. Впервые был осуществлен полногеномный анализ протяженных гомозиготных последовательностей SNPs (ROH) в геноме кур породы Чешcкая Золотистая. В исследовании использовали 16 куриц породы Чешская Золотистая, случайно отобранных из популяции. Среднее количество ROH сегментов в геноме кур составило 143 ± 8. Установлено, что они имеют тенденцию к случайному распределению в хромосомах. Исходя из полученных данных, предложено запретить применение разрешенных гетерозиготных SNPs в ROH сегментах для предотвращения переоценки результатов ROH анализа. Рассчитанный из ROH данных средний коэффициент инбридинга у кур породы Чешcкая Золотистая равен 0,34 ± 0,03. В хромосомах кур 2, 3, 9 и 22 обнаружены ROH островки. В них расположены гены, ассоциированные с иммунитетом, деградацией нейронов, весом сумки Фабрициуса, ожирением, пигментацией пера и регуляцией генов теплового шока. Таким образом, у Чешской Золотистой породы кур селекция и сопровождающий ее инбридинг повлиял на гены, участвующие в перечисленных выше биологических процессах.