Izolacija mikrosatelitnih markerjev z metodo FIASCO
2002
Miha LAVRIČ | Andreja RAMŠAK
Metoda FIASCO (Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats) omogoča razmeroma hitro izolacijo mikrosatelitnih markerjev. Primerna je za vse organizme, ne glede na to, kako pogosti so mikrosatelitni lokusi v genomu. Z metodo FIASCO smo izolirali mikrosatelitne markerje iz ribona (Pagellus erythrinus). Za restrikcijo DNK smo uporabili endonukleazo MseI. Razrezano DNK smo ligirali z oligonukleotidnima adapterjema MseIU in MseID. Fragmente DNK z adapterji smo pomnožili s PCR, v kateri smo uporabili degeneriran začetni oligonukleotid MseI-N. Ugotovili smo najugodnejše pogoje za PCR. Pomnožene fragmente DNK smo hibridizirali z biotinilirano sondo (AC)12. Kompleks sonda-DNK smo ujeli na magnetnih kroglicah, prekritih s streptavidinom, in z mikrosateliti obogateno frakcijo pomnožili s PCR. Obogateno mikrosatelitno DNK smo klonirali v plazmid pCR® 2.1-TOPO in z njim transformirali celice Escherichia coli TOP10. Pridobili smo 2436 belih transformant. Nukleotidna zaporedja smo določili 18 transformantam. Ugotovili smo, da 88,8 odstotkov transformant vsebuje dinukleotidne mikrosatelitne ponovitve. Našli smo tudi eno tetranukleotidno ponovitev.
Show more [+] Less [-]AGROVOC Keywords
Bibliographic information
This bibliographic record has been provided by Directory of Open Access Journals