GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus
2008
Moreews, François | Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE) ; Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) ; Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Inria de l'Université de Rennes ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria) | Systèmes d'Elevage, Nutrition Animale et Humaine (SENAH) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes | The International Society for Computational Biology | ISCB
International audience
Show more [+] Less [-]English. current solutions do not allow automatic publication of microarray experiment results from a microarray data management system to one of the public repositories (Gene Expression Omnibus, ArrayExpress). The end-user is generally involved in various steps of the process which results in low productivity. We have developed a software which allows validating, extraction and automatic publication of microarray data stored in BASE (BioArray Software Environment), a wildly used open source microarray data management system, to Gene Expression Omnibus a reference microarray data repository. The code written in PHP is especially modularized to allow a quick adaptation to any microarray data management system which could be access by SQL.
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This bibliographic record has been provided by Institut national de la recherche agronomique
