Dataset: Abundance and composition of microbiomes in agricultural biogas plants in Lower Saxony, Germany, with variation in organic substrates, process parameters and nutrients

German. Die hier hinterlegten Daten beziehen sich auf die Publikation von Forschungsergebnissen aus dem Verbundvorhaben „Abundanz und Vielfalt von Clostridium in landwirtschaftlichen Biogasanlagen unter besonderer Berücksichtigung von Clostridium botulinum“. In diesem Zusammenhang wurden Proben aus niedersächsischen landwirtschaftlichen Biogasanlagen in Hinblick auf die Zusammensetzung und Abundanz der mikrobiellen Lebensgemeinschaften (Bakterien und Archaeen) untersucht und dabei ein möglicher Zusammenhang mit den eingesetzten organischen Substraten, den Prozessparametern und den Nährstoffen untersucht. Die Abundanz von Bakterien und Archaeen wurde mit Hilfe der quantitativen PCR von 16S rRNA Genen kultivierungsunabhängig aus DNA der vergärenden Substrate bestimmt und die Vielfalt über DNA-Sequenzierungen der 16S rRNA Gene mit Hilfe der Illumina MiSeq Technologie ermittelt. Insgesamt reicht der vorhandene Datensatz von neun Biogasanlagen nicht aus, um alleinstehend einen belastbaren Zusammenhang zwischen den mikrobiologischen und den abiotischen Parametern abzuleiten. Hinweise auf ein mögliches Vorkommen von C. botulinum ergaben sich nicht. Der Datensatz kann jedoch einen Beitrag leisten, in einem größeren Kontext mit weiteren Beprobungen von Biogasanlagen ein besseres Verständnis über den Einfluss von Gärsubstraten und Prozessbedingungen auf die Zusammensetzung des Mikrobioms in Biogasanlagen zu gewinnen.

English. The data deposited here refer to the publication of research results from the joint project "Abundance and diversity of Clostridium in agricultural biogas plants with special consideration of Clostridium botulinum". In this context, samples from agricultural biogas plants in Lower Saxony were examined with regard to the composition and abundance of the microbial communities (bacteria and archaea) and a possible correlation with the organic substrates used, the process parameters and the nutrients was investigated. The abundance of bacteria and archaea was determined by quantitative PCR of 16S rRNA genes from DNA of the fermenting substrates independent of cultivation and the diversity was determined by DNA sequencing of the 16S rRNA genes using Illumina MiSeq technology. Overall, the available data set of nine biogas plants is not sufficient to derive a reliable correlation between the microbiological and abiotic parameters on its own. There were no indications of a possible occurrence of C. botulinum. However, the data set can contribute to a better understanding of the influence of fermentation substrates and process conditions on the composition of the microbiome in biogas plants in a larger context with further sampling of biogas plants.