Ecology of insectivorous cave-dwelling bats in the context of zoonotic emergence in the Republic of Congo. | Ecologie des chauves-souris insectivores cavernicoles dans le contexte d'émergence de zoonoses en République du Congo.

English. With the Anthropocene, our human societies have created drastic and disproportionate pressures and disturbances on our environment. The consequences of these upheavals threaten animal, plant and human health and are causing a resurgence in the emergence of zoonoses. As a result, surveillance systems are recognizing the need to gain knowledge of the ecological mechanisms associated with emergence, particularly at the interface between wildlife and humans. However, there are still gaps in our knowledge of the ecology of these interfaces, particularly in countries such as the Republic of Congo. The main aim of this thesis is to improve our knowledge of the ecology and dynamics of cave bat communities, while contributing to a better understanding of interface ecology. This thesis begins with a characterisation study of cave bat communities in two caves in the Republic of Congo. This study shows the presence of six putative species using morphometric and acoustic data collected during trapping sessions spread over almost two years. The second study presents a semi-automatic method using a sonotype classifier coupled with a posteriori classification. Our study tested this method on the 2,375,956 acoustic files using ultrasonic recorders placed at the entrances to the two caves. The results allowed us to identify five acoustic groups, taking into account the acoustic superposition of certain species. The third study used the above methodology to describe the nocturnal activity patterns and annual phenology of the acoustic bat communities in the two caves. This study identifies a tri-modal activity with high activity from October to March. These variations in behaviour are linked to the periods when the young are reared (birth, lactation) and leave the caves. The fourth and fifth studies focus on the description of tropical chains and interfaces, including with humans, using a photographic trapping protocol. After describing the taxa that use the caves inside and outside, this study identifies predator-prey interactions, human activities and overlapping activities. Finally, the sixth study focuses on the determinants explaining the richness of viral families in African bats, based on existing data. Our study shows that this viral richness is mainly explained by sample size, which is characterized by a strong bias related to the life history characteristics of the bats.This work allowed us to: (1) develop two non-invasive methods for collecting data on the temporal dynamics of faunal communities present in a habitat at the bat-wildlife-human interface, (2) contribute to the understanding of interactions in these particular interfaces, and (3) acquire knowledge on the dynamics and distribution of the communities studied. This knowledge is essential for understanding the ecology of zoonotic diseases, while also contributing to the conservation ecology of these species. Finally, these protocols can be replicated in other countries, contributing to the acquisition of knowledge for adequate prevention against the risks of zoonotic disease transmission.

French. Avec l’Anthropocène, nos sociétés humaines ont engendré une pression et des perturbations drastiques et démesurées sur notre environnement. Les conséquences de ces bouleversements menacent la santé animale, végétale et humaine et causent la recrudescence d’émergences de zoonoses. Ainsi, les systèmes de surveillance voient la nécessité d’acquérir des connaissances sur les mécanismes écologiques associés à l’émergence, plus particulièrement à l’interface de la faune sauvage – et des humains. Cependant, les connaissances sur l’écologie des interfaces surtout dans des pays comme la République du Congo sont encore lacunaires. L’objectif principal de cette thèse est d’améliorer les connaissances sur l’écologie et la dynamique des communautés de chauves-souris cavernicoles tout en contribuant à l’amélioration du savoir sur l’écologie des interfaces. Cette thèse débute par une étude sur la caractérisation des communautés de chauves-souris cavernicoles dans deux grottes en République du Congo. Cette étude montre la présence de six espèces putatives à l’aide de données morphométriques et acoustiques récoltées lors de sessions de captures s’échelonnant sur près de deux ans. La deuxième étude présente une méthode semi-automatique d’un classificateur de sonotypes couplé à une classification a posteriori. Notre étude a testé cette méthode sur les 2,375,956 fichiers acoustiques à l’aide d’enregistreurs d’ultrasons disposés à l’entrée des deux grottes. Les résultats permettent d’identifier cinq groupes acoustiques en prenant en compte la superposition acoustique de certaines espèces. La troisième étude s’appuie sur la méthodologie présentée précédemment pour décrire les modèles d’activité nocturnes et la phénologie annuelle des communautés acoustiques de chauves-souris dans les deux grottes. Cette étude identifie une activité tri-modale avec une forte activité du mois d’octobre au mois de mars. Ces variations dans le comportement sont reliées aux périodes d’élevage des jeunes (mise bas, lactation) et à l’envol de ceux-ci en dehors des grottes. Les quatrième et cinquième études se concentrent sur la description des chaines tropiques et des interfaces, y compris avec les humains, en s’appuyant sur un protocole de pièges photographiques. Après une description des taxons utilisant l’intérieur et l’extérieur des grottes, cette étude identifie les interactions prédateurs - proies, les activités humaines et les chevauchements d’activités. Enfin, la sixième étude se concentre sur les déterminants expliquant la richesse des familles virales chez les chauves-souris africaines à partir des données existantes. Notre étude montre que cette richesse virale s’explique majoritairement par la taille de l’échantillonnage marqué par un fort biais lié aux traits de vie des chauves-souris.Cette thèse a permis : (1) la création de deux méthodes non invasives de collecte de données de dynamique temporelle des communautés fauniques présentes dans un habitat d’interface entre chauves-souris – faune sauvage – humains, (2) de contribuer à la compréhension des interactions dans ces interfaces particulières et (3) d’acquérir des connaissances sur la dynamique et la distribution des communautés étudiées. Ces connaissances sont essentielles pour la compréhension de l’écologie des maladies zoonotiques tout en contribuant à l’écologie de la conservation de ces espèces. Enfin, ces protocoles peuvent être répliqués dans d’autres pays contribuant à l’acquisition de connaissances pour une prévention adéquate contre les risques de transmission de zoonoses.