Genetic characterization of the Russian population of German classic ponies by STR loci and genes affecting coat colour | Генетическая характеристика российской популяции немецких классических пони по STR-локусам и генам, влияющим на масть

English. The German classic pony is a relatively new breed officially registered in 2000. The German classic pony was created in Germany with the aim of breeding horses that are ideal for children. The aim of the study was to evaluate the genetic variability using 17 STR markers and to investigate polymorphism of the 4 genes associated with the coat colours in German classic ponies of the Russian population. A total number of 32 animals were genotyped by using markers of genes MC1R, ASIP, PMEL17, MATP and 17 STR markers: AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, LEX3, VHL20. Hair samples were collected from the German classic ponies kept at the farm Koshelev V.V., Tver region, Russia, in 2019. The results revealed a relatively high level of genetic variability in the most of studied STR loci. The number of alleles identified across all evaluated STR loci was 94. The number of alleles per locus varied from 3 to 8 with a mean value of 5.53±0.35. The level of the observed heterozygosity (Ho) for 16 autosomal loci was 0.7051±0.0434, the FIS coefficient was -0.0686±0.0196. It was found that the frequencies of the dominant A allele of the ASIP gene and the dominant E allele of the MC1R gene were 0.313 and 0.688, respectively. The frequency of the mutant Silver allele of the PMEL17 gene was 0,563. The mutant Cremello allele of the MATP gene was not found in the group of genotyped ponies. Given four genes that control pigmentation, 14 different genotype variants were identified in the tested animals, indicating a high level of genetic variability in the population. The most common genotypes in the studied population were associated with the most unusual and attractive coat colors.

Russian. Немецкий классический пони - сравнительно молодая порода, официальная регистрация которой состоялась в 2000 г. Порода была создана в Германии с целью разведения лошадей, идеально подходящих для детского конного спорта. Цель исследования - оценка генетической вариабельности в популяции немецких классических пони с использованием 17 высокополиморфных STR-маркеров, а также изучение полиморфизма 4 генов, влияющих на пигментацию волоса и имеющих важное селекционное значение. Всего протестировано 32 пони с использованием маркеров генов MC1R, ASIP, PMEL17, MATP и 17 STR-маркеров: AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, LEX3, VHL20. Образцы для исследования были отобраны от немецких классических пони в КФХ Кошелев В.В. (Тверская обл.). Результаты исследования продемонстрировали наличие достаточно высокой внутрипородной генетической изменчивости. Число аллелей в каждом STR-локусе варьировало от 3 до 8 при среднем значении 5,53±0,35, показатель наблюдаемой гетерозиготности (Ho), рассчитанный с учетом 16 аутосомных локусов, составил 0,7051±0,0434, коэффициент популяционного инбридинга Fis равнялся -0,0686±0,0196. Установлено, что частота встречаемости доминантного аллеля А гена ASIP и доминантного аллеля Е гена MC1R составила, соответственно, 0,313 и 0,688, частота мутантного аллеля Silver гена PMEL17 - 0,563. Мутация Cremello гена MATP у животных экспериментальной выборки не обнаружена. С учетом четырех генов, контролирующих пигментацию, у протестированных животных идентифицировано 14 различных вариантов генотипа, что свидетельствует о довольно высокой генетической вариабельности в популяции. Наибольшее распространение имели генотипы, ассоциированные с необычными и нарядными мастями.