Monitoring of coccidia excretion in indoor and outdoor farming systems by coproscopy anddevelopment of a molecular biology technique | Suivi de l'excrétion des coccidies dans différents systèmes d'élevage intérieurs ou extérieurs par coproscopie et développement d'une technique de biologie moléculaire

International audience

English. Coccidiosis is an obstacle to outdoor rabbit farming systems because it can lead to digestive disorders(diarrhoea), growth delay, and mortality. It is therefore crucial to control this disease. Monitoring the excretionof oocysts is usually carried out by coproscopy, counting the number of oocysts in the faeces and identifying thespecies under the microscope. This method can only process a limited number of samples per day. With a viewto phenotyping oocyst excretion in a large number of rabbits for future studies of genetic resistance tococcidiosis, we have developed a molecular biology tool for identifying the nine species of digestive coccidia.For this study, we had the opportunity to monitor coccidia excretion in young rabbits from the same herd,weaned at 35 days of age and kept in different contemporary conditions: 120 rabbits in 40 multi-purpose cages,120 rabbits in a 500 m2 outdoor parks, 32 rabbits in 4 groups of 8 rabbits in 50 m2 outdoor parks. Totalmorbidity and mortality were recorded. Coproscopies were carried out to get the quantities of oocysts andpresent species. The same samples were then analyzed by PCR. DNA extraction was developed with a kit usingceramic beads to mechanically lyse the oocysts, and magnetic beads to bind the DNA. This method is compatiblewith the use of an automatic extraction machine, and enables 32 faecal samples to be processed in parallel. PCRprimers specific to the nine species of rabbit digestive coccidia have been validated (E. coecicola, E. exigua, E.flavescens, E. intestinalis, E. irresidua, E. magna, E. media, E. perforans, E. piriformis). Coccidia excretion washigher in animals kept outdoors, with a greater diversity of species (identified microscopically or by PCR). Onaverage, excretion during the rearing period ranged from 0 OPG (oocysts per gram of faeces) to 517 0PG inbuildings, and from 0 to 34450 OPG in outdoor rearing. Only two species were observed in buildings (E. mediaand E. perforans). Outdoors, E. flavescens, E. exigua, E. piriformis, E.intestinalis and E. coecicola werealsodetected.The PCR method for detecting coccidia is promising, but the consistency between directobservationsand PCR results needs to beimproved.

French. La coccidiose est un frein à l'élevage de lapins à l'extérieur car elle peut entraîner des troubles digestifs (diarrhées), des retards de croissance et de la mortalité. Il est donc crucial de maîtriser cette maladie. Le suivi de l'excrétion des ookystes s'effectue habituellement par coproscopie, avec un comptage du nombre d'ookystes dans les fèces et une identification des espèces présentes au microscope. Cette méthode ne permet de traiter qu'un nombre limité d'échantillons par jour. Dans l'optique de pouvoir phénotyper l'excrétion des ookystes chez un grand nombre de lapins pour de futures études de résistance génétique à la coccidiose, nous avons développé un outil de biologie moléculaire d'identification des neuf espèces de coccidies digestives. Pour cette étude, nous avons eu l'opportunité de suivre l'excrétion des coccidies de jeunes lapins issus du même troupeau, sevrés à 35 jours et conduits selon des modalités différentes et contemporaines : 120 lapins en 40 cages polyvalentes ; 120 lapins en parc extérieur de 500 m 2 ; 32 lapins en 4 groupes de 8 lapins en parcs extérieurs de 50 m 2 . La morbidité totale et la mortalité ont été enregistrées. Des coproscopies ont été réalisées pour avoir une première approche des quantités d'ookystes et des espèces présentes. Puis les mêmes échantillons ont été analysés en PCR. L'extraction de l'ADN a été développé avec un kit utilisant des billes de céramique lyser mécaniquement les ookystes, et des billes magnétiques pour fixer l'ADN. Cette méthode est compatible avec l'utilisation d'un automate d'extraction et permet de traiter 32échantillons de fèces en parallèle. Des amorces PCR spécifiques des neuf espèces de coccidies digestives du lapin ont été validées</p></div>