16S rRNA analysis of bifidobacterial isolates from rat small intestine | Analiza sekvenc genov za 16S rRNA izolatov bifidobakterij iz tankega črevesa podgan

English. The amplified 16S rRNA genes from 6 isolates of bifidobacteria from rat small intestine and two isolates of lactobacilli were directly sequenced. A phylogenetic tree was constructed using the determined sequences and sequences of related genera from DNA databases. All bifidobacterial isolates belonged to the B. lactis group and formed two subgroups. The similarity levels between 16S rRNA sequences of isolates ranged from 91.4 to 95.8 %, showing great genetic variability among isolates. With similarity levels from 95 to 97 %, the phylogenetic analysis also showed that sequences of our isolates were closely related to B. pseudolongum. The results of previous phenotypic and genotypic studies and results obtained from the phylogenetic analysis of 16S rRNA sequences form the foundation for further analysis to confirm that our isolates represent one or more new bifidobacterial species.

Slovenian. Pri šestih izbranih izolatih bifidobakterij iz tankega črevesa podgan smo sekvencirali prvi del gena za manjšo ribosomsko podenoto (16S rRNA) in sekvence primerjali z že znanimi sekvencami drugih bifidobakterij in bakterij sorodnih rodov. S filogenetsko analizo smo ugotovili, da izolati tvorijo svojo skupino z dvema podskupinama in da so najbolj sorodni vrsti B. pseudolongum. Skupaj z njo in še nekaterimi drugimi bifidobakterijami se uvrščajo v širšo skupino B. lactis. Stopnja podobnosti med sekvencami 16S rRNA izolatov se giblje med 91,4–95,8 odstotki, kar kaže na precejšnjo genetsko raznolikost znotraj skupine. Stopnja podobnosti do najbližje opisane vrste B. pseudolongum pa je med 94 in 97 odstotki. Rezultati predhodnih fenotipskih in genotipskih študij ter filogenetske ugotovitve na osnovi analiz sekvenc 16S rRNA predstavljajo osnovo za nadaljne raziskave, ki bi lahko potrdile, da opisani izolati predstavljajo eno ali več novih bifidobakterijskih vrst.