Genetic background of uropathogenic Escherichia coli isolates from Slovenia in relation to fluoroquinolone and sulfamethoxazole/trimethoprim resistance | Genetsko ozadje uropatogenih sevov bakterije Escherichia coli iz Slovenije v povezavi z odpornostjo proti fluorokinolonom in sulfametoksazol/trimetoprimu

English. A total of 99 E. coli urinary tract isolates were investigated for phylogenetic groups and 21 virulence related genes in relation to fluoroquinolone and sulfamethoxazole/trimethoprim resistance. We found that the B2 group was by far the most prevalent among susceptible isolates, while resistant isolates were more evenly distributed among groups A, B2 and D. Isolates from the B2 group exhibited the highest prevalence of virulence factors. Virulence genes hlyA, iroN and kpsMTII were statistically associated with fluoroquinolone susceptible isolates and picU with sulfamethoxazole/trimethoprim susceptible isolates. Fluoroquinolone susceptibleisolates of the phylogenetic group A were significantly associated with genes papGII, kpsMTII and iss and the susceptible group B2 isolates with genes hra in iroN. Among isolates susceptible to sulfamethoxazole/trimethoprim the presence of the hra genewas statistically significantly associated with phylogenetic group B2, while among resistant isolates, papGII was associated with phylogenetic group D.

Slovenian. V naši raziskavi smo 99 uropatogenih izolatov E. coli uvrstili v filogenetske skupine in pri vsakem preverili prisotnost 21-ih genov povezanih z virulenco ter podatke analizirali v povezavi z odpornostjo izolata za fluorokinolone in sulfametoksazol/trimetoprim. Ugotovili smo, da se izolati, ki so občutljivi za fluorokinolone in /ali sulfametoksazol/trimetoprim uvrščajo predvsem v filogenetsko skupino B2, odporni izolati pa v približno enakih deležih v skupine A, B2 in D. Izolati v filogenetski skupini B2 so imeli največ genskih zapisov za virulentne dejavnike. Izolati občutljivi za fluorokinolone so imeli statistično značilno pogosteje preučevane genske zapise hlyA, iroN in kpsMTII v primerjavi z odpornimi izolati, medtem ko so imeli izolati občutljivi za sulfametoksazol/trimetoprim v primerjavi z odpornimi izolati statistično značilno pogosteje genski zapis za picU. Pri izolatih, ki so bili občutljivi za fluorokinolone, smo ugotovili statistično značilne povezave med prisotnostjo genov papGII, kpsMTII ter iss in uvrstitvijo izolata v filogenetsko skupino A ter genov hra in iroN ter uvrstitvijoizolata v filogenetsko skupino B2. Pri izolatih, ki so bili občutljivi za sulfametoksazol/trimetoprim, je bila statistično značilna povezava med prisotnostjo gena hra in uvrstitvijo izolata v filogenetsko skupino B2, pri odpornih izolatih pa je bil gen papGII statistično značilno povezan z uvrstitvijo izolata v filogenetsko skupino D.