Inventory and characterization of fungi associated with citrus decline in Burkina Faso | Inventaire et caractérisation des champignons associés au dessèchement des citrus au Burkina Faso

English. In Burkina Faso, decline is one of the production constraints of citrus. This study makes the diagnosis of the disease in the major production areas. Thus, the incidence and severity were assessed in Kénédougou and Comoé. An inventory of fungal species was made from diseased organs. A morphological and pathogenic characterization was carried out from ten (10) isolates of the dominant species. The average incidence of the disease varies between 85.0 and 94.7% in the two provinces. The highest severity index was recorded in the Toumousseni site (92.8%) and the lowest in the Kartasso site (33.6%). Six (06) fungal species (Colletotrichum sp, Lasiodiplodia sp, Fusarium sp, Pestalotiopsis sp, Aspergillus sp and Botrytis sp) were inventoried. Ten strains of Colletotrichum sp presented morphological characteristics almost similar to the species Colletotrichum gloeosporioides. Then, in vitro inoculations on leaves and in vivo on plants revealed variability in pathogenicity. Thus, KciCo9, CciCo4, KciCo15 were the most aggressive in vivo. The lesions induced were significantly different between the strains. In view of the importance of the disease, a molecular characterization of the species is necessary. Keywords: Decline, Citrus, Fungi, Colletotrichum, Burkina Faso

French. Au Burkina Faso, le dessèchement est l’une des contraintes de production des citrus. Cette étude fait le diagnostic de la maladie dans les grandes zones de production. Ainsi, l’incidence et la sévérité ont été évaluées dans le Kénédougou et la Comoé. Un inventaire des espèces fongiques a été réalisé à partir des organes malades. Une caractérisation morphologique et pathogénique a été réalisée à partir de dix isolats de l’espèce majoritaire. L’incidence moyenne de la maladie varie entre 85,0 et 94,7 % dans les deux provinces. Le plus fort indice de sévérité a été enregistré à Toumousseni (92,8 %) et la plus faible à Kartasso (33,6 %). Six (06) espèces fongiques (Colletotrichum sp, Lasiodiplodia sp, Fusarium sp, Pestalotiopsis sp, Aspergillus sp et Botrytis sp) ont été inventoriées. Dix souches de Colletotrichum sp ont présenté des caractéristiques morphologiques quasi similaire à l’espèce Colletotrichum gloeosporioides. Ensuite, les inoculations in vitro sur les feuilles et in vivo sur des plants ont révélé une variabilité de la pathogénicité. Ainsi, KciCo9, CciCo4, KciCo15 ont été les plus agressives in vivo. Les lésions induites étaient significativement différentes entre les souches. Au regard de l’importance de la maladie, une caractérisation moléculaire des espèces est nécessaire. Mots clés: Dessèchement, Citrus, Champignons, Colletotrichum, Burkina Faso