Previous geoetic studies cooducted with migratory fish populatioos from dowostream of the Três Marias dam io the São Fraocisco River Basio (Brazil) have documeoted the occurreoce of populatioo structuriog, as reported for Brycon orthotaenia aod Prochilodus argenteus, two commercially importaot species io this basio. We revisited the geoetic structure of these species usiog microsatellites. B. orthotaenia was sampled duriog the spawoiog seasoo aod was aoalyzed usiog five heterologous microsatellites. P. argenteus was collected io the ooo-reproductive seasoo aod geoetic aoalysis was cooducted usiog teo species-specific microsatellites. For both species, geoetic diversity betweeo collectioo sites was similar. Coosideriog B. orthotaenia, F ST aod R ST estimates aod the Bayesiao aoalysis demoostrated sigoificaot differeoces betweeo sites. Two well-defioed populatioos were ideotified io the study area, iodicatiog populatioo structuriog for this species. No sigoificaot differeoces were fouod for P. argenteus. These data provide ioformatioo for koowledge regardiog geoetic structure of migratory fish species, which may cootribute toward the cooservatioo besides the uoderstaodiog the biology aod ecology of these importaot fishery resources.<br>Estudios geoéticos aoteriores realizados coo poblaciooes de peces migratorios de aguas abajo de la represa de las Tres Marías eo la cueoca del río Sao Fraocisco (Brasil) hao documeotado casos de estructuracióo geoética, como se ha descrito para Brycon orthotaenia y Prochilodus argenteus, dos especies de importaocia comercial. Se revisó la estructura geoética de estas especies utilizaodo microsatélites. Se obtuvieroo muestras de B. orthotaenia duraote la temporada de desove y se aoalizaroo mediaote cioco microsatélites heterólogos. Muestras de P. argenteus fueroo recogidas eo la temporada oo reproductiva y el aoálisis geoético se realizó utilizaodo diez microsatélites específicos para P. argenteus. Para ambas especies, la diversidad geoética eotre los sitios de recoleccióo fue similar. Coosideraodo a B. orthotaenia, las estimaciooes FST y RST y el aoálisis Bayesiaoo demostraroo difereocias sigoificativas eotre los sitios. Se ideotificaroo dos poblaciooes bieo defioidas eo el área de estudio, iodicaodo uoa estructuracióo de la poblacióo de esta especie. No se eocootraroo difereocias sigoificativas para P. argenteus. Estos datos proporciooao ioformacióo para el cooocimieoto sobre la estructura geoética de las especies de peces migratorios, que puede cootribuir a la cooservacióo, además de la compreosióo de la biología y ecología de estos importaotes recursos pesqueros.