[Introduction]: Drinking water is a determining factor in human health; when obtained from surface sources, it can be affected by microbiological contaminants that cause disease, which in turn could be influenced by environmental conditions. However, these effects have been little studied in Costa Rica. [Objective]: To determinate the environmental variability influence in the concentrations of pathogen microorganisms and fecal indicators in a drinking water system. [Methodology]: samples were collected twice a month for one year. Cryptosporidium sp., Giardia sp., somatic coliphages, and Escherichia coli concentrations were measure. Spatial conditions were analyzed using geographic information systems, and climate conditions analysis were performed using descriptive technics. To data analysis were used censored data technics and Poisson regression models to evaluate the influence of the rainfall on microorganisms’ concentrations. [Results]: seasonal differences were found for somatic coliphages and E. coli. Cryptosporidium sp. and Giardia sp. concentrations were more frequent with weak precipitation intensity. Meanwhile, coliphages and E. coli concentrations were higher when precipitation intensity increase. [Conclusions]: The four micro-basins presented pollution vulnerability for their spatial conditions. Besides, study microorganisms were affected differently by climatic seasonality and 24 h previous intensity of the precipitation. Therefore, it is recommended an individual evaluation of them periodically. | [Introducción]:  El agua para consumo es un determinante de la salud humana; particularmente cuando se obtiene de fuentes superficiales puede ser afectada por contaminantes microbiológicos causantes de enfermedades, los cuales a su vez son influenciados por las condiciones ambientales; sin embargo, estos efectos han sido poco estudiados en Costa Rica. [Objetivo]: Determinar la influencia de variables ambientales en las concentraciones de microorganismos patógenos e indicadores fecales en un sistema de abastecimiento de agua para consumo humano. [Metodología]: Se realizó un muestreo dos veces al mes durante un año. Se midió la concentración de Cryptosporidium sp., Giardia sp. colifagos somáticos y Escherichia coli. Se analizaron las condiciones espaciales mediante el uso de sistemas de información geográfica, y las condiciones climáticas de manera descriptivas. Para el análisis de datos se utilizaron técnicas para datos censurados y un modelo de regresión de Poisson para evaluar la influencia de la intensidad de precipitación sobre las concentraciones de microorganismos. [Resultados]: Se encuentran diferencias estacionales para colifagos somáticos y E. coli. Cryptosporidium sp. y Giardia sp. son más frecuentes cuando la intensidad de precipitación es débil, mientras que colifagos somáticos y E. coli presentan mayores concentraciones conforme aumenta la intensidad de precipitación. [Conclusiones]: Las cuatro microcuencas presentan vulnerabilidad por contaminación con respecto a sus condiciones espaciales y se determina que tanto la estacionalidad climática y la intensidad de la precipitación 24 h antes afectan de manera diferente a cada uno de los microorganismos en estudio, por lo cual, se recomienda su evaluación periódica de forma independientemente. | [Introdução]: A água potável é um fator determinante da saúde humana; particularmente quando obtido de fontes superficiais, pode ser afetado por contaminantes microbiológicos que causam doenças, que por sua vez são influenciados pelas condições ambientais; no entanto, esses efeitos foram pouco estudados na Costa Rica. [Objetivo]: Determinar a influência de variáveis ​​ambientais sobre as concentrações de microrganismos patogênicos e indicadores fecais em um sistema de abastecimento de água para consumo humano. [Metodologia]: A amostragem foi realizada duas vezes ao mês durante um ano. A concentração de Cryptosporidium sp., Giardia sp. colifagos somáticos e Escherichia coli. As condições espaciais foram analisadas usando sistemas de informação geográfica e as condições climáticas de forma descritiva. Para a análise dos dados, foram utilizadas técnicas de dados censurados e um modelo de regressão de Poisson para avaliar a influência da intensidade da precipitação nas concentrações dos microrganismos. [Resultados]: Diferenças sazonais são encontradas para colifagos somáticos e E. coli, Cryptosporidium sp. e Giardia sp. são mais frequentes quando a intensidade da precipitação é fraca, enquanto os colifagos somáticos e E. coli apresentam concentrações mais elevadas à medida que a intensidade da precipitação aumenta. [Conclusões]: As quatro microbacias apresentam vulnerabilidade devido à contaminação no que diz respeito às suas condições espaciais e determina-se que tanto a sazonalidade climática quanto a intensidade da precipitação 24 h antes afetam cada um dos microrganismos em estudo de forma diferente, portanto, é recomendou sua avaliação periódica de forma independente.