On présente une synthèse des relations entre les forêts gérées tempérées et le changement climatique. Le changement climatique a de multiples impacts sur la forêt. On les classe en 4 catégories : l’accommodation par des modifications de fonctionnement physiologique, de phénologie ou de croissance des arbres, l’adaptation génétique, la migration et enfin la mortalité des arbres. Les marges de manœuvre sylvicoles sont réduites, devantles risques de perte de productivité et d’augmentation des dépérissements. La forêt joue un rôle important d’atténuation du changement climatique, mais qui est dominé par la séquestration du carbone en forêt, du fait del’augmentation en surface et en volume des forêts.

Dossier. Le défi forestier : s'adapter au changement climatique | On présente une synthèse des relations entre les forêts gérées tempérées et le changement climatique. Le changement climatique a de multiples impacts sur la forêt. On les classe en 4 catégories : l’accommodation par des modifications de fonctionnement physiologique, de phénologie ou de croissance des arbres, l’adaptation génétique, la migration et enfin la mortalité des arbres. Les marges de manœuvre sylvicoles sont réduites, devantles risques de perte de productivité et d’augmentation des dépérissements. La forêt joue un rôle important d’atténuation du changement climatique, mais qui est dominé par la séquestration du carbone en forêt, du fait del’augmentation en surface et en volume des forêts.

En tant que partenaire du projet européen Palm Protect (2012-2014, 3 millions d'euros) qui vise à éradiquer les deux ravageurs des palmiers Rhynchophorus ferrugineus et Paysandisia archon, l'unité Expérimentale Entomologie et Forêt Méditerranéenne INRA PACA propose de développer une nouvelle méthode biologique de contrôle contre le papillon palmivore P. archon. Les oeufs sont le stade le plus accessible. D'une part, un criblage de plusieurs parasitoïdes potentiels du genre Trichogramma sera réalisé. D'autre part, une collecte d'oeufs de P. archon sera effectuée pour observer si des parasitoïdes naturellement présents dans le milieu ambiant pourraient réussir à s'installer, en particulier via l'importation de palmiers de la région méditerranéenne. Les premiers résultats sont décrits et discutés. | As part of the European project Palm Pprotect (2012-2014, 3 million €), which aims to eradicate the two palm pests: Rhynchophorus ferrugineus and Paysandisia archon, the Mediterranean Forest and Entomology Experimental Unit of INRA PACA intends to develop a new biological pest control method against the palm borer P. archon. The egg stage of this moth is the most accessible. On one hand, a screening of several potentially effective parasitoids of the genus Trichogramma will be performed against the moth. On the other hand, collects of P. archon eggs will be conducted in order to observe if parasitoids, naturally present in the environment, would have succeeded in establishing themselves, particularly through the importation of palm trees in the Mediterranean region. The first results are reported and discussed.

National audience | As part of the European project Palm Pprotect (2012-2014, 3 million €), which aims to eradicate the two palm pests: Rhynchophorus ferrugineus and Paysandisia archon, the Mediterranean Forest and Entomology Experimental Unit of INRA PACA intends to develop a new biological pest control method against the palm borer P. archon. The egg stage of this moth is the most accessible. On one hand, a screening of several potentially effective parasitoids of the genus Trichogramma will be performed against the moth. On the other hand, collects of P. archon eggs will be conducted in order to observe if parasitoids, naturally present in the environment, would have succeeded in establishing themselves, particularly through the importation of palm trees in the Mediterranean region. The first results are reported and discussed. | En tant que partenaire du projet européen Palm Protect (2012-2014, 3 millions d'euros) qui vise à éradiquer les deux ravageurs des palmiers Rhynchophorus ferrugineus et Paysandisia archon, l'unité Expérimentale Entomologie et Forêt Méditerranéenne INRA PACA propose de développer une nouvelle méthode biologique de contrôle contre le papillon palmivore P. archon. Les oeufs sont le stade le plus accessible. D'une part, un criblage de plusieurs parasitoïdes potentiels du genre Trichogramma sera réalisé. D'autre part, une collecte d'oeufs de P. archon sera effectuée pour observer si des parasitoïdes naturellement présents dans le milieu ambiant pourraient réussir à s'installer, en particulier via l'importation de palmiers de la région méditerranéenne. Les premiers résultats sont décrits et discutés.

Dans un contexte de forte croissance spatiale des villes et d’enjeu social émergeant surla protection des espaces agricoles périurbains, nous nous intéressons aux éléments quidéterminent les choix publics locaux de gestion du développement urbain, en termes deconsommation d’espace et de choix de densité. Nous partons de cadres d’analyse économiques issus de l’économie urbaine et de l’économie du choix social (Welfare Economics) qui renseignent les processus de décision inhérents à la planification urbaine. Puis, nous analysons comment une approche multi-méthodes (analyse de discours et statistiques textuelles couplées à de l’économétrie utilisant une importante base de données communales) peut aider à l’élaboration d’un cadre théorique adapté à un contexte régulé et décentralisé, tel que le contexte français. Nous appliquons cette approche aux documents d’urbanisme communaux de la région PACA. Il en résulte un cadre théorique enrichi qui montre l’importance de déterminants peu évoqués dans la littérature et une évaluation de leurs effets sur la décision publique. Sont notamment mis en évidence les rôles particuliers des caractéristiques de l’activité agricole, de la légitimité des élus, des réglementations supracommunales et de certaines caractéristiques politiques communales ainsi que des relations entre communes.Nous mettons également en lumière la complémentarité entre les méthodes qualitatives et quantitatives employées – les analyses de discours et textuelles et les formalisations économétriques – notamment dans une perspective de généralisation à des contextes institutionnels et géographiques hétérogènes. Des pistes de recherches futures et quelques recommandations à destination des décideurs publics sont finalement proposéespour approfondissement.

Dans un contexte de forte croissance spatiale des villes et d’enjeu social émergeant surla protection des espaces agricoles périurbains, nous nous intéressons aux éléments quidéterminent les choix publics locaux de gestion du développement urbain, en termes deconsommation d’espace et de choix de densité. Nous partons de cadres d’analyse économiques issus de l’économie urbaine et de l’économie du choix social (Welfare Economics) qui renseignent les processus de décision inhérents à la planification urbaine. Puis, nous analysons comment une approche multi-méthodes (analyse de discours et statistiques textuelles couplées à de l’économétrie utilisant une importante base de données communales) peut aider à l’élaboration d’un cadre théorique adapté à un contexte régulé et décentralisé, tel que le contexte français. Nous appliquons cette approche aux documents d’urbanisme communaux de la région PACA. Il en résulte un cadre théorique enrichi qui montre l’importance de déterminants peu évoqués dans la littérature et une évaluation de leurs effets sur la décision publique. Sont notamment mis en évidence les rôles particuliers des caractéristiques de l’activité agricole, de la légitimité des élus, des réglementations supracommunales et de certaines caractéristiques politiques communales ainsi que des relations entre communes.Nous mettons également en lumière la complémentarité entre les méthodes qualitatives et quantitatives employées – les analyses de discours et textuelles et les formalisations économétriques – notamment dans une perspective de généralisation à des contextes institutionnels et géographiques hétérogènes. Des pistes de recherches futures et quelques recommandations à destination des décideurs publics sont finalement proposéespour approfondissement.

Feeding late maturing young bulls on high concentrate diets needs adjustment of both animal feeding behaviour and rumen adaptation which can be done by feeding maize silage according to researchers at the National Institute of Agronomic Research, Saint-Genès Champanelle, France who state good economic results are achievable alongside animal welfare.

Feeding late maturing young bulls on high concentrate diets needs adjustment of both animal feeding behaviour and rumen adaptation which can be done by feeding maize silage according to researchers at the National Institute of Agronomic Research, Saint-Genès Champanelle, France who state good economic results are achievable alongside animal welfare.

La présente publication recense 9 genres et 53 espèces d’Agromyzidae (Diptera) de l’île de la Martinique.Parmi celles-ci, 7 (la plupart d’importance agronomique), appartenant à 4 genres, étaient déjà répertoriées decette île des Antilles ; c’est donc 4 genres nouveaux (Calycomyza Hendel, Cerodontha Rondani, Melanagromyza Hendel et Ophiomyia Braschnikov) et 46 espèces nouvelles pour la Martinique qui sont pour la première fois signalés. De plus, six espèces nouvelles pour la science ont été découvertes en Martinique ; elles ne sont pas répertoriées ici et doivent faire l’objet d’une publication ultérieure. | The present publication lists 9 genera and 53 species of Agromyzidae (Diptera) from Martinique island. Among these ones, 7 species (for the most part of agronomic importance), in 4 genera, were already listed from this island of the Antilles; it is thus 4 new genera ( Calycomyza Hendel, Cerodontha Rondani, Melon agromyza Hendel and Ophiomyia Braschnikov) and 46 new species for Martinique which are reported for the first time. Moreover, six species new for science were discovered in Martinique; they are not indexed here and must be the subject of a later publication.

La présente publication recense 9 genres et 53 espèces d’Agromyzidae (Diptera) de l’île de la Martinique.Parmi celles-ci, 7 (la plupart d’importance agronomique), appartenant à 4 genres, étaient déjà répertoriées decette île des Antilles ; c’est donc 4 genres nouveaux (Calycomyza Hendel, Cerodontha Rondani, Melanagromyza Hendel et Ophiomyia Braschnikov) et 46 espèces nouvelles pour la Martinique qui sont pour la première fois signalés. De plus, six espèces nouvelles pour la science ont été découvertes en Martinique ; elles ne sont pas répertoriées ici et doivent faire l’objet d’une publication ultérieure. | The present publication lists 9 genera and 53 species of Agromyzidae (Diptera) from Martinique island. Among these ones, 7 species (for the most part of agronomic importance), in 4 genera, were already listed from this island of the Antilles; it is thus 4 new genera ( Calycomyza Hendel, Cerodontha Rondani, Melon agromyza Hendel and Ophiomyia Braschnikov) and 46 new species for Martinique which are reported for the first time. Moreover, six species new for science were discovered in Martinique; they are not indexed here and must be the subject of a later publication.

Plant architecture is commonly defined by the adjacency of organs within the structure and their properties. Few studies consider the effect of endogenous temporal factors, namely phenological factors, on the establishment of plant architecture. This study hypothesized that, in addition to the effect of environmental factors, the observed plant architecture results from both endogenous structural and temporal components, and their interplays. Mango tree, which is characterized by strong phenological asynchronisms within and between trees and by repeated vegetative and reproductive flushes during a growing cycle, was chosen as a plant model. During two consecutive growing cycles, this study described vegetative and reproductive development of 20 trees submitted to the same environmental conditions. Four mango cultivars were considered to assess possible cultivar-specific patterns. Integrative vegetative and reproductive development models incorporating generalized linear models as components were built. These models described the occurrence, intensity, and timing of vegetative and reproductive development at the growth unit scale. This study showed significant interplays between structural and temporal components of plant architectural development at two temporal scales. Within a growing cycle, earliness of bud burst was highly and positively related to earliness of vegetative development and flowering. Between growing cycles, flowering growth units delayed vegetative development compared to growth units that did not flower. These interplays explained how vegetative and reproductive phenological asynchronisms within and between trees were generated and maintained. It is suggested that causation networks involving structural and temporal components may give rise to contrasted tree architectures.

Plant architecture is commonly defined by the adjacency of organs within the structure and their properties. Few studies consider the effect of endogenous temporal factors, namely phenological factors, on the establishment of plant architecture. This study hypothesized that, in addition to the effect of environmental factors, the observed plant architecture results from both endogenous structural and temporal components, and their interplays. Mango tree, which is characterized by strong phenological asynchronisms within and between trees and by repeated vegetative and reproductive flushes during a growing cycle, was chosen as a plant model. During two consecutive growing cycles, this study described vegetative and reproductive development of 20 trees submitted to the same environmental conditions. Four mango cultivars were considered to assess possible cultivar-specific patterns. Integrative vegetative and reproductive development models incorporating generalized linear models as components were built. These models described the occurrence, intensity, and timing of vegetative and reproductive development at the growth unit scale. This study showed significant interplays between structural and temporal components of plant architectural development at two temporal scales. Within a growing cycle, earliness of bud burst was highly and positively related to earliness of vegetative development and flowering. Between growing cycles, flowering growth units delayed vegetative development compared to growth units that did not flower. These interplays explained how vegetative and reproductive phenological asynchronisms within and between trees were generated and maintained. It is suggested that causation networks involving structural and temporal components may give rise to contrasted tree architectures.

International audience | Plant architecture is commonly defined by the adjacency of organs within the structure and their properties. Few studies consider the effect of endogenous temporal factors, namely phenological factors, on the establishment of plant architecture. This study hypothesized that, in addition to the effect of environmental factors, the observed plant architecture results from both endogenous structural and temporal components, and their interplays. Mango tree, which is characterized by strong phenological asynchronisms within and between trees and by repeated vegetative and reproductive flushes during a growing cycle, was chosen as a plant model. During two consecutive growing cycles, this study described vegetative and reproductive development of 20 trees submitted to the same environmental conditions. Four mango cultivars were considered to assess possible cultivar-specific patterns. Integrative vegetative and reproductive development models incorporating generalized linear models as components were built. These models described the occurrence, intensity, and timing of vegetative and reproductive development at the growth unit scale. This study showed significant interplays between structural and temporal components of plant architectural development at two temporal scales. Within a growing cycle, earliness of bud burst was highly and positively related to earliness of vegetative development and flowering. Between growing cycles, flowering growth units delayed vegetative development compared to growth units that did not flower. These interplays explained how vegetative and reproductive phenological asynchronisms within and between trees were generated and maintained. It is suggested that causation networks involving structural and temporal components may give rise to contrasted tree architectures.

Plant architecture is commonly defined by the adjacency of organs within the structure and their properties. Few studies consider the effect of endogenous temporal factors, namely phenological factors, on the establishment of plant architecture. This study hypothesized that, in addition to the effect of environmental factors, the observed plant architecture results from both endogenous structural and temporal components, and their interplays. Mango tree, which is characterized by strong phenological asynchronisms within and between trees and by repeated vegetative and reproductive flushes during a growing cycle, was chosen as a plant model. During two consecutive growing cycles, this study described vegetative and reproductive development of 20 trees submitted to the same environmental conditions. Four mango cultivars were considered to assess possible cultivar-specific patterns. Integrative vegetative and reproductive development models incorporating generalized linear models as components were built. These models described the occurrence, intensity, and timing of vegetative and reproductive development at the growth unit scale. This study showed significant interplays between structural and temporal components of plant architectural development at two temporal scales. Within a growing cycle, earliness of bud burst was highly and positively related to earliness of vegetative development and flowering. Between growing cycles, flowering growth units delayed vegetative development compared to growth units that did not flower. These interplays explained how vegetative and reproductive phenological asynchronisms within and between trees were generated and maintained. It is suggested that causation networks involving structural and temporal components may give rise to contrasted tree architectures. (Résumé d'auteur)

Leptosphaeria maculans ‘brassicae’ (Lmb) is a filamentous ascomycete from class Dothideomycetes. It belongs to the Leptosphaeria maculans-Leptosphaeria biglobosa species complex which comprises pathogens of crucifers. Lmb is specifically adapted to oilseed rape (Brassica napus) and is responsible for the most damaging disease of this crop: “stem canker”. In order to better understand and control the disease, the host team initiated a genomic project aiming at systematically identify genes involved in pathogenicity, analyse genome plasticity and evaluate their incidence on adaptability to host. Preliminary genome data firstly showed that all characterized avirulence genes were localized in large AT-rich regions, mainly composed of Transposable Elements (TEs). In addition, these AT-rich regions were the first hints that the Lmb genome may present a very unusual structure compared to other microorganisms. The first part of this thesis describes the Lmb genome with a special focus on its isochore structure, which is the result of a massive TE invasion of the genome followed by an inactivation of TEs by an ascomycete-specific defense mechanism called RIP (Repeat-Induced Point mutation). The potential impacts of this genome structure on diversification and evolution of proteins involved in the plant-pathogen interaction were assessed and highlighted the existence of a “two speed” genome. To better understand how TEs are involved in adaptation of Lmb towards oilseed rape, a comparative and evolutionary genomic analysis of five members of the species complex was conducted. This study shows that Lmb is the only species of the complex with genome invaded by TEs at such an extent, and that TEs are involved in (i) intrachromosomal rearrangements putatively related to the speciation event between Lmb and its closest relative species, (ii) the presence of species-specific genes, (iii) translocations of effector genes into highly dynamic genomic regions. Our data contribute to the generalization of the “two speed” genome concept in filamentous phytopathogens postulating that highly plastic regions of the genome are enriched in genes involved in niche adaptation and that a strong link exists between TEs and genes involved in pathogenesis or host adaptation. | Leptosphaeria maculans ‘brassicae’ (Lmb) est un champignon filamenteux de la classe des Dothideomycètes faisant partie du complexe d’espèces Leptosphaeria maculans-Leptosphaeria biglobosa composé d’agents pathogènes des crucifères. Lmb est particulièrement adapté au colza (Brassica napus) et provoque la maladie qui lui est la plus dommageable : la nécrose du collet. Dans le but de mieux comprendre et contrôler cette maladie, l’équipe d’accueil a initié un projet de génomique visant à identifier de façon systématique les gènes impliqués dans le pouvoir pathogène. Les premières données génomiques montraient deux aspects très importants et potentiellement spécifiques de Lmb : (i) tous les gènes d'avirulence caractérisés expérimentalement étaient localisés dans de grandes régions riches en bases AT et composées d'éléments transposables (ET), (ii) ces régions riches en AT préfiguraient une structure génomique particulière, qui, si elle se généralisait à l'ensemble du génome, aurait été totalement inédite chez un micro-organisme eucaryote. La première partie de cette thèse présente la description du génome de Lmb en se focalisant sur sa structure en isochores, résultant d’une invasion du génome par des ET qui ont ensuite été inactivés par un mécanisme de défense spécifique aux champignons ascomycètes, le RIP (Repeat-Induced Point mutation). Puis, l’impact potentiel de cette structure sur la diversification et l’évolution des protéines jouant un rôle clé lors de l’interaction agent pathogène-plante a été évalué, mettant ainsi en avant l’existence d’un génome à « deux vitesses ». Afin de mieux comprendre le rôle potentiel joué par les ET au niveau des capacités d’adaptation de Lmb au colza, une étude de génomique comparative et évolutive de cinq membres du complexe d’espèces a été réalisée. Ce travail montre que Lmb est la seule espèce du complexe dont le génome a été envahi par les ET, et que ces derniers sont impliqués dans (i) des réarrangements intrachromosomiques potentiellement liés à la spéciation entre Lmb et l’espèce la plus proche, (ii) la présence de gènes espèce-spécifiques et (iii) des déplacements dans des régions génomiques très dynamiques de gènes codant des effecteurs. Les travaux constituant cette thèse participent à la généralisation du concept selon lequel un lien fort existe chez les champignons filamenteux phytopathogènes entre ET et gènes impliqués dans la pathogenèse ou l’adaptation à l’hôte.

Leptosphaeria maculans ‘brassicae’ (Lmb) is a filamentous ascomycete from class Dothideomycetes. It belongs to the Leptosphaeria maculans-Leptosphaeria biglobosa species complex which comprises pathogens of crucifers. Lmb is specifically adapted to oilseed rape (Brassica napus) and is responsible for the most damaging disease of this crop: “stem canker”. In order to better understand and control the disease, the host team initiated a genomic project aiming at systematically identify genes involved in pathogenicity, analyse genome plasticity and evaluate their incidence on adaptability to host. Preliminary genome data firstly showed that all characterized avirulence genes were localized in large AT-rich regions, mainly composed of Transposable Elements (TEs). In addition, these AT-rich regions were the first hints that the Lmb genome may present a very unusual structure compared to other microorganisms. The first part of this thesis describes the Lmb genome with a special focus on its isochore structure, which is the result of a massive TE invasion of the genome followed by an inactivation of TEs by an ascomycete-specific defense mechanism called RIP (Repeat-Induced Point mutation). The potential impacts of this genome structure on diversification and evolution of proteins involved in the plant-pathogen interaction were assessed and highlighted the existence of a “two speed” genome. To better understand how TEs are involved in adaptation of Lmb towards oilseed rape, a comparative and evolutionary genomic analysis of five members of the species complex was conducted. This study shows that Lmb is the only species of the complex with genome invaded by TEs at such an extent, and that TEs are involved in (i) intrachromosomal rearrangements putatively related to the speciation event between Lmb and its closest relative species, (ii) the presence of species-specific genes, (iii) translocations of effector genes into highly dynamic genomic regions. Our data contribute to the generalization of the “two speed” genome concept in filamentous phytopathogens postulating that highly plastic regions of the genome are enriched in genes involved in niche adaptation and that a strong link exists between TEs and genes involved in pathogenesis or host adaptation. | Leptosphaeria maculans ‘brassicae’ (Lmb) est un champignon filamenteux de la classe des Dothideomycètes faisant partie du complexe d’espèces Leptosphaeria maculans-Leptosphaeria biglobosa composé d’agents pathogènes des crucifères. Lmb est particulièrement adapté au colza (Brassica napus) et provoque la maladie qui lui est la plus dommageable : la nécrose du collet. Dans le but de mieux comprendre et contrôler cette maladie, l’équipe d’accueil a initié un projet de génomique visant à identifier de façon systématique les gènes impliqués dans le pouvoir pathogène. Les premières données génomiques montraient deux aspects très importants et potentiellement spécifiques de Lmb : (i) tous les gènes d'avirulence caractérisés expérimentalement étaient localisés dans de grandes régions riches en bases AT et composées d'éléments transposables (ET), (ii) ces régions riches en AT préfiguraient une structure génomique particulière, qui, si elle se généralisait à l'ensemble du génome, aurait été totalement inédite chez un micro-organisme eucaryote. La première partie de cette thèse présente la description du génome de Lmb en se focalisant sur sa structure en isochores, résultant d’une invasion du génome par des ET qui ont ensuite été inactivés par un mécanisme de défense spécifique aux champignons ascomycètes, le RIP (Repeat-Induced Point mutation). Puis, l’impact potentiel de cette structure sur la diversification et l’évolution des protéines jouant un rôle clé lors de l’interaction agent pathogène-plante a été évalué, mettant ainsi en avant l’existence d’un génome à « deux vitesses ». Afin de mieux comprendre le rôle potentiel joué par les ET au niveau des capacités d’adaptation de Lmb au colza, une étude de génomique comparative et évolutive de cinq membres du complexe d’espèces a été réalisée. Ce travail montre que Lmb est la seule espèce du complexe dont le génome a été envahi par les ET, et que ces derniers sont impliqués dans (i) des réarrangements intrachromosomiques potentiellement liés à la spéciation entre Lmb et l’espèce la plus proche, (ii) la présence de gènes espèce-spécifiques et (iii) des déplacements dans des régions génomiques très dynamiques de gènes codant des effecteurs. Les travaux constituant cette thèse participent à la généralisation du concept selon lequel un lien fort existe chez les champignons filamenteux phytopathogènes entre ET et gènes impliqués dans la pathogenèse ou l’adaptation à l’hôte.