Studies on parameters influencing the performance of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) in detecting Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) [Prunus avium L.]
2005
Usta, M. (Yuzuncu Yil Univ., Van (Turkey). Dept. of Plant Protection) | Sipahioglu, H.M. (Yuzuncu Yil Univ., Van (Turkey). Dept. of Plant Protection) | Polat, B. (Yuzuncu Yil Univ., Van (Turkey). Dept. of Plant Protection)
Inglés. In order to have a more detailed understanding of the various factors influencing a reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), a number of important parameters such as Mg2+, primer, enzyme concentration and others were optimized for the detection of Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV). Using a PNRSV isolate with a pair of primers, complementary DNA of viral genome as template and an appropriate enzyme together with magnesium chloride, the following optimal conditions were identified: primer concentration between 0.2 and 0.0002 pmol micronlE-1 and 0.06-2 units micronlE-1 for Taq DNA polymerase enzyme for a 50 micronl reaction volume when other parameters were optimum; magnesium chloride concentration less than 2.5 mM; dNTP concentration between 1 and 10 mM. The optimum cDNA amount should be about 360 ng for a 50 micronl reaction mixture. When these optimized concentrations and/or values of the main PCR parameters were brought together for a new RT-PCR, a clear and a reliable PNRSV detection having no background was performed from both growth-chamber and field-grown PNRSV-infected plants
Mostrar más [+] Menos [-]Italiano. [Allo scopo di acquisire una conoscenza più dettagliata dei vari fattori che influenzano una reazione a catena della polimerasi su trascrittasi inversa (RT-PCR), sono stati ottimizzati alcuni parametri importanti come Mg2+, primer, concentrazione enzimatica e altri per la diagnosi del Virus della maculatura anulare necrotica del genere Prunus (PNRSV). Utilizzando un isolato di PNRSV con un paio di primer, il DNA complementare del genoma virale come stampo e un enzima appropriato unitamente a cloruro di magnesio, sono state identificate le seguenti condizioni ottimali: concentrazione dei primer fra 0,2 e 0,0002 pmol micronlE-1 e 0,06-2 unità micronlE-1 per l'enzima DNA polimerasi Taq per un volume di reazione di 50 micronl quando gli altri parametri erano ottimali; concentrazione del cloruro di magnesio inferiore a 2,5 mM; concentrazione di dNTP fra 1 e 10 mM. La quantità ottimale di cDNA dovrebbe essere di circa 360 ng per una miscela di reazione di 50 micronl. Quando queste concentrazioni ottimizzate e/o i principali parametri della PCR erano riuniti per una nuova RT-PCR, si poteva effettuare una identificazione del PNRSV chiara e attendibile senza disturbi di fondo, a partire da piante infette da PNRSV provenienti da cella climatica o dal campo.]
Mostrar más [+] Menos [-]Palabras clave de AGROVOC
Información bibliográfica
Este registro bibliográfico ha sido proporcionado por Istituto di Servizi per il Mercato Agricolo Alimentare