Haplotype reconstruction from unphased genotype data at the bovine PRKAG3 gene [cattle]

Inglés. Haplotype analysis has become an area of intense research, both for population genetics studies and for molecular dissection of complex phenotypes. Haplotypes provide increased informativeness compared to single nucleotide polymorphisms and allow to condense information on genomic variation, with a sensible gain of power in association studies. Direct haplotyping via molecular analysis provides more exact information per individual, but is much more expensive and labour-intensive than indirectly inferring haplotypes from genotypes. Several methods have been proposed so far to indirectly reconstruct haplotypes from unphased genotypes. In the present study, we adopted four different approaches (implemented in the computer programs ARLEQUIN, HELIXTREE, HAP and PHASE) to infer phase information from genotypic data on 197 subjects at 14 polymorphic sites of the bovine PRKAG3 gene. In the whole, twelve different haplotypes were inferred by all the four different methods, although at slightly varying frequencies. Other three haplotypes were inferred by at least two different approaches and some haplotypes were unique to a single method. No dramatic differences among the four selected approaches were observed for the considered genomic target. This is probably due to the linkage-disequilibrium structure of the analysed region and to the moderate amount of missing genotype data

Italiano. L'ambito di analisi degli aplotipi evidenzia un interesse crescente da parte della ricerca, sia in termini di studi di genetica delle popolazioni, sia per la comprensione delle basi molecolari di caratteri complessi. Gli aplotipi forniscono un livello maggiore di informatività rispetto alle mutazioni a carico di singole basi nucleotidiche e consentono di condensare l'informazione relativa alla variabilità genetica, permettendo, altresì, di acquisire un incremento nella potenza di analisi in studi di associazione. I metodi diretti di ricostruzione dell'aplotipo basati sull'analisi molecolare forniscono un livello di informazione più accurato, ma presentano il grosso inconveniente di essere estremamente costosi e laboriosi rispetto ai metodi indiretti di inferenza. Molteplici approcci sono stati proposti ad oggi per la ricostruzione indiretta degli aplotipi a partire da dati genotipici a fase gametica ignota. Nel presente lavoro, sono stati adottati quattro diversi metodi (implementati nei programmi ARLEQUIN, HELIXTREE, HAP e PHASE) per l'inferenza della fase gametica a partire dai dati genotipici di 197 soggetti relativi a 14 siti polimorfici del gene PRKAG3 bovino. Complessivamente, dodici diversi aplotipi sono stati inferiti da tutti i quattro metodi adottati, sebbene con frequenze relativamente divergenti. Altri tre aplotipi sono stati inferiti da almeno due dei quattro diversi approcci, mentre alcuni aplotipi sono stati inferiti esclusivamente da uno dei quattro metodi. Complessivamente, non sono state osservate differenze sostanziali tra i diversi approcci adottati relativamente alla regione genomica di interesse. Ciò è presumibilmente ascrivibile al profilo di linkage disequilibrium della regione analizzata e alla presenza molto contenuta di dati genotipici mancanti