Emergence of begomoviruses in Cuba | Emergencia de begomovirus en Cuba

Inglés. Begomoviruses are plant pathogens that caused important losses to crops of economic interest in tropical and subtropical regions in the last decade. In Cuba, nine begomoviruses have been identified affecting tomato, beans, tobacco, pepper, squash, potato and weeds of different botanical families. The intergenic sequence (IR) and the N-terminal regions of the replication associated protein (Rep) of begomoviruses identified in Cuba were analysed using sequence data of gene collections (GeneBank). Statistical programs were used for the alignments, phylogenetic analysis and searching of significant recombination fragments. The detection of possible recombination events was carried out for p=0.05, based on 10000 permutations. Eleven IR recombination event sites between Macroptilium Yellow Mosaic Virus (MaYMV) and Tobacco Leaf Rugose Virus (TLRV), and 15 between Tomato Mottle Taino Virus (TMoTV) and Dicliptera Yellow Mosaic Virus (DiYMoV) were found. Sixteen recombination event sites between MaYMV and Sida Golden Yellow Vein Virus (SiGYVV) were also found in the Rep region. Jatropha Mosaic Virus (JMV) from Jatropha gossipifolia and Tomato Yellow Leaf Curl Virus TYLCV-IL(CU) from tomato and pepper showed base sequences in the alignments that were present in all the polymorphic sites detected and homologous to monomorphic sites. TMoTV and DiYMoV showed 3 and 4 polymorphic sites in the Rep N-terminal region, respectively. All these sites constitute evidences of old recombination events destroyed during the evolution, and they may define the characteristics of the begomovirus species identified.

Español; castellano. Los begomovirus son patógenos de plantas que en las últimas décadas han causado importantes pérdidas a cultivos de interés económico, en regiones tropicales y subtropicales. En Cuba se han identificado nueve begomovirus afectando cultivos de importancia económica como tomate, fríjol, tabaco, pimiento, calabaza, papa, y malezas de diferentes familias botánicas. En este trabajo se analizaron las secuencias de la región intergénica (RI) y la región N- Terminal de la proteína asociada a la replicación (Rep) de los diferentes begomovirus identificados en Cuba, referidas en el banco de datos de genes (Genebank), utilizando programas estadísticos para los alineamientos, análisis filogenéticos y búsqueda de recombinaciones. La detección de posibles eventos de recombinaciones fue realizada para p=0.05, basado en 10000 permutaciones. En la región intergénica se detectaron entre 11 y 15 sitios de recombinaciones, entre el virus del mosaico amarillo del Macroptilium (MaYMV) y los virus de la hoja rugosa del tabaco (TLRV), el virus moteado taino del tomate (TMoTV) y el virus del mosaico amarillo de Dicliptera (DiYMoV). En la región N-Terminal de la Rep., se detectaron además, 16 sitios de recombinaciones entre MaYMV y el virus amarillo dorado de la Sida (SiGYVV). Los virus del mosaico de Jatropha (JMV) procedente de Jatropha gossipifolia, y los aislamientos de TYLCV-IL(CU) de tomate y pimiento, mostraron secuencias que se encuentran en todos los sitios polimórficos detectados y que son homólogas a los sitios monomórficos, de los alineamientos analizados. En la región N-Terminal de la Rep del TTMoV y DiYMoV, se detectaron 3 y 4 sitios polimórficos respectivamente, con características similares a los anteriores y constituyen evidencia de recombinaciones pasadas y destruida en la evolución. Todos los sitios identificados en estos aislamientos pueden definir características de las especies de begomovirus identificados.