Comment affiner la localisation d'un QTL ?

De nombreuses méthodes ont été proposées pour cartographier finement des locus impliqués dans la variabilité des caractères quantitatifs (Quantitative Trait Loci ou QTL). La diversité de ces méthodes s’explique notamment par les différences qui existent entre les espèces, par exemple du fait des intervalles entre générations, des coûts de production, ou de la variabilité des coûts de phénotypage des caractères. Nous proposons ici une revue des méthodes permettant d’accéder à une cartographie fine de ces locus, décrivant au préalable les conditions d’une réduction de l’intervalle de localisation de ces QTL. Le paramètre clé permettant de réduire cet intervalle est le nombre de recombinaisons utiles. C’est pourquoi nous décrivons, dans les parties suivantes, les méthodes de cartographie fine en distinguant celles qui nécessitent la procréation d’individus ou de générations supplémentaires pour augmenter le nombre de recombinaisons, de celles qui ont recours à des modèles statistiques pour inférer des recombinaisons ayant eu lieu au cours des générations passées.

Many methods are offered to finely map loci implicated in the variability of quantitative traits (Quantitative trait loci or QTL). The diversity of these methods can be explained notably by the differences that exist between species, for example by generation intervals, production cost, or the variable costs for phenotyping traits. Here, we offer a review of the methods that exist for the fine mapping of these loci, but first we describe the conditions for the reduction of the localisation interval of these QTL. The key parameter that allows reducing the interval is the number of useful recombinations. This is why the fine mapping methods we describe are separated into two groups : those that require reproduction of individuals or additional generations to increase the number of recombinations and those that use statistical models to infer the recombinations having occurred during previous generations.