Simulation des potentialités de la sélection génomique chez les bovins laitiers

Cet article présente une simulation de sélection génomique dans une grande population de bovins laitiers en comparaison à un programme basé sur le testage des taureaux sur descendance. L’accroissement de progrès génétique est maximum (au moins 80% sans augmentation de coût) quand les pères à taureaux, dont les effectifs sont en forte augmentation, sont sélectionnés uniquement sur information génomique, sans testage sur descendance. Avec ce nombre élevé de pères à taureaux, les coefficients de consanguinité et de parenté diminuent, contrairement à ce qu’on aurait pu craindre compte tenu du raccourcissement de l’intervalle entre générations. Au niveau des éleveurs, la recommandation est de choisir les taureaux d’insémination de service (pères des femelles) en nombre suffisant dans l’ensemble des nombreux pères à taureaux génomiques, en opposition complète avec la pratique générale qui, jusqu’en 2009, consistait au contraire à sélectionner un nombre relativement réduit de taureaux de service parmi les taureaux testés et un nombre encore plus faible de pères à taureaux parmi les taureaux de service. Ces résultats, obtenus en 2009, ont jeté les bases de la gestion des populations bovines laitières en France en sélection génomique, mais ils restent tout à fait d’actualité aujourd’hui. Il est en effet essentiel pour la durabilité de la sélection et de la production que le nombre efficace de reproducteurs soit élevé pour limiter l’augmentation de la consanguinité. L’observation des premières années d’application montre que ces préconisations sont relativement bien suivies en moyenne.

Genomic selection was simulated in a large dairy cattle population in comparison with a breeding scheme based on bull progeny-testing. The maximum increase of genetic gain (about 80% without cost increase) was obtained when bull sires, in much larger number, were selected only based on genomic information, without progeny-testing. In spite of a shorter generation interval, annual inbreeding and coancestry rates were decreased because these bull sires were much more numerous than in the reference scheme. The general recommendation to the AI industry is to pick-up a quite large batch of commercial sires (for breeding regular females) within the set of genomic bull sires, in total contrast with the conventional practice where few bull sires are a selected set of commercial sires, themselves in limited number because selected after progeny-testing. These results obtained in 2009 paved the way for a sustainable genomic selection of French dairy cattle, and are still up to date. Indeed, it is critical for selection and dairy cattle production sustainability to maintain a high enough effective size of the breeds to limit the inbreeding trend. An overview of the first years of activity shows that these recommendations have been well respected on average.