Détection de QTL de caractères originaux dans une population bovine croisée Holstein x Normande

Un protocole de détection de QTL en croisement entre les races Prim'Holstein et Normande a été mené à l'Unité Expérimentale INRA du Pin-au-Haras. Ce programme a pour objectif de détecter et cartographier des QTL responsables de la variabilité intra et entre races. 866 femelles F2 ont été suivies jusqu’en première lactation, ainsi que 324 femelles « F3 » issues d'un père F1 et d'une mère F2. Les phénotypes mesurés concernent les caractères classiquement mesurés en ferme, mais surtout un grand nombre de caractères originaux. Les résultats présentés concernent l'aptitude fromagère des laits individuels, la précocité sexuelle, la reprise de cyclicité post-partum, et la coloration de la robe. Tous les individus F0 à F3 sont génotypés sur la puce bovine 50k d'Illumina. Les détections ont été faites par analyse de liaison et déséquilibre de liaison. L'âge à la puberté est en moyenne de 307 jours (± 51) et son héritabilité est estimée à 0,37. Des QTL sont détectés sur 13 chromosomes (1, 2, 3, 5, 8, 11, 12, 13, 14, 21, 25, 27 et 29), les plus forts étant sur les chromosomes 29 (pic à 26 Mb) et 13 (61 Mb). Le délai de reprise de cyclicité est en moyenne de 31 jours (± 12) et son héritabilité est estimée à 0,17. 14 QTL sont détectés sur 9 chromosomes (1, 3, 5, 8, 11, 17, 21, 26 et 27) avec les plus forts sur les chromosomes 21 (26 Mb) et 26 (33 Mb). Seuls 2 QTL sont communs aux deux caractères, sur le chromosome 21, reflétant leur faible corrélation génétique (0,24). L’aptitude fromagère dépend très fortement du génotype au locus des caséines, ainsi que de la beta-lactoglobuline et de DGAT1. Après prise en compte de ces locus, 5 à 8 QTL sont détectés pour les différents caractères analysés (temps de prise, fermeté du gel, rendement, gras sur sec). Ils sont en général différents entre caractères et ont des effets plus réduits. Concernant le patron de coloration, MC1R est responsable de la couleur, ASIP de la bringeure, MITF de la tête blanche, du pourcentage de blanc, de la couleur des onglons, KIT du pourcentage de blanc et du type de panachure. Une nouvelle région sur le chromosome 8 est mise en évidence et affecte le pourcentage de blanc et le type de panachure.

A QTL detection experiment has been carried out on the “Le Pin” INRA experimental farm by crossing Holstein and Normande dairy cattle. This experiment was aimed at mapping QTL responsible for within and between breed genetic variability. Eight-hundred sixty-six F2 and 324 « F3 » females (F1 sire x F2 dam) were studied before and during their first lactation. In addition to conventional traits, many especially original traits were recorded. This paper presents the results for cheese making ability of milk, age at puberty, cyclicity resumption, and coat color. All F0-F3 animals were genotyped with the Illumina 50k Beadchip. QTL detection was performed by linkage and linkage disequilibrium analysis. Age at puberty reached 307 days (± 51) on average and its heritability estimate was 0.37. Over 20 QTL were found on 13 chromosomes (1, 2, 3, 5, 8, 11, 12, 13, 14, 21, 25, 27, and 29), with the strongest ones on chromosomes 29 (26 Mb) and 13 (61 Mb). Cyclicity resumption was obtained after 31 days (± 12) and its heritability estimate was 0.17. Fourteen QTL were found on 9 chromosomes (1, 3, 5, 8, 11, 17, 21, 26, and 27), with the strongest ones on chromosomes 21 (26 Mb) and 26 (33 Mb). Only two regions on chromosome 21 were found to be common for both traits, in agreement with their low genetic correlation (0.24). Cheese making properties were strongly dependent on casein locus, as well as on beta-lactoglobulin and DGAT1. After accounting for these loci, 5 to 8 QTL were detected for the different traits analyzed (coagulation time, gel firmness, cheese yield, fat/dry matter ratio). In general, they were different across traits and with more limited effects than for the identified loci. With regards to coat color, MC1R was found to be responsible for color, ASIP for brindle, MITF for white head, white percentage, hoof color, KIT for spotting type and white percentage. A new region was identified on chromosome 8 affecting white percentage and type of spotting.