Exploration, conservation et valorisation de la diversité chez trois pérennes tropicales : caféier, cocotier et arbre à pain

Ce mémoire, rédigé pour l'obtention d'un doctorat en Biologie et Amélioration des plantes par validation des acquis de l'expérience, retrace mon parcours professionnel qui s'est entièrement déroulé au sein du CIRAD de 1983 à 2022. Ingénieur agronome de formation, j'ai consacré en grande partie ma carrière à la conservation, à la caractérisation et à l'exploitation de la diversité de trois plantes pérennes tropicales : le caféier (robusta Coffea canephora et arabica C. arabica), le cocotier (Cocos nucifera) et, dans une moindre mesure, l'arbre à pain (Artocarpus altilis). Au-delà de la description phénotypique et génétique, j'ai eu à coeur de comprendre comment la diversité actuelle a pu se constituer sous l'action de facteurs aussi divers que la biologie de l'espèce, l'environnement, l'histoire et l'organisation des sociétés qui cultivent, sélectionnent et diffusent des variétés adaptées à leurs usages et besoins.Après une description chronologique de mon parcours, je détaille mes travaux portant sur : • Le caféier robusta en Afrique de l'Ouest avec i) la mise en place d'un programme de recherche en Guinée comprenant l'établissement de collections, d'essais agronomiques,d'essais comparatifs clonaux et la création d'un laboratoire pour l'expertise commerciale et l'évaluation de la qualité du café ; ii) une étude de la structure et de la répartition géographique de la diversité des C. canephora d'Afrique de l'Ouest en exploitant les ressources biologiques d'herbiers anciens grâce à un génotypage par microsatellites ; iii) l'étude génétique de caféiers C. canephora nouvellement collectés en Guinée. •Le cocotier et l'arbre à pain dans le Pacifique avec i) des travaux d'amélioration génétique du cocotier, menés sur station de recherche dans l'archipel du Vanuatu et qui ont abouti à la sélection d'un Grand local amélioré et d'un hybride tolérant à la maladie virale du dépérissement foliaire du cocotier ; ii) à l'échelle de l'archipel, des enquêtes participatives auprès des populations rurales sur la diversité du cocotier et de l'arbre à pain, qui ont révélé une riche nomenclature et une grande diversité d'usages ; iii) plusieurs projets et expertises menés dans la région Pacifique, sur la création et la production d'hybrides de cocotier, et au sein du réseau international des ressources génétiques du cocotier COGENT. • Diverses opérations de gestion de ressources génétiques avec l'organisation de collectes,la conservation en collections vivantes et la gestion de données pour plusieurs espèces dont le caféier arabica en Éthiopie. Une synthèse générale de mes activités de recherche, une auto-analyse de compétences et mes principales publications complètent ce mémoire.