Molecular characterization, morphological analysis and mycorrhizal colonization in the avocado (Persea americana Mill) rhizosphere in Caldas, Colombia | Caracterización molecular, análisis morfológico y colonización micorrízica en la rizósfera del aguacate (Persea americana Mill) en Caldas, Colombia

Inglés. Families of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) associated to two varieties of avocado Persea americana Mill (hass and lorena), in 12 samples of rhizosphere soil and roots in Caldas, Colombia were evaluated. Spores were obtained by wet sieving and sucrose gradient centrifugation, and mounted on polyvinyl alcohol using glycerol and Melzer´s reagents, to determine their morphology, and roots treated con potassium hydroxide, acetic acid, Trypan Blue and lactoglycerol, to establish colonization. The DNA was extracted by DNeasy Plant Mini Kit (QiagenTM) and amplified by PCR using primers for genes 18S and 28S nuclear rDNA, visualized and purified on agarose gels and sequenced by Macrogen Advancing throughout Genomics-South Korea. The results show presence of 12 morphotypes belonging to the families Acaulosporaceae, Gigasporaceae, Diversisporaceae and Glomeraceae, and mycorrhizal colonization higher 90% in both varieties of avocado. It was possible to isolate DNA of nine morphotypes and amplify seven. Alignment of DNA sequences carried out in the ClustaW software included in the program Mega 6, together with sequences deposited in GenBank, using the distance parameter Kimura 2 (K2P), they allowed to build a tree of similarity for the method Neighbor-Joining (NJ) clustering the samples determined by morphology in the corresponding taxonomical families. These results allowed to standardize protocols for families in this group, where his taxonomy is difficult and controversial, registering families cited in the literature as highly important for the protection and incorporation of nutrients into the plant.

Español; castellano. Se evaluaron familias de hongos formadores de micorriza arbuscular (HMA) asociados a dos variedades de aguacate Persea americana Mill (hass y lorena), en 12 muestras de suelo rizosférico y raíces en Caldas, Colombia. Las esporas se obtuvieron por tamizado húmedo y centrifugación en gradiente de sacarosa, y montadas en los reactivos Polivinilactoglicerol y Melzer para determinar su morfología, y las raíces tratadas con hidróxido de potasio, ácido acético, azul de tripano y lactoglicerol, para establecer su colonización. El ADN fue extraído por DNeasy Plant Mini Kit (QiagenTM) y amplificado por PCR utilizando iniciadores sobre los genes 18S y 28S del ADNr nuclear, visualizado y purificado en geles de agarosa, y secuenciado por Macrogen Advancing Through Genomics–Corea del Sur. Los resultados muestran presencia de 12 morfotipos pertenecientes a las familias Acaulosporaceae, Gigasporaceae, Diversisporaceae y Glomeraceae, y una colonización micorrízica superior al 90% en ambas variedades de aguacate. Se logró aislar ADN de nueve morfotipos y amplificar siete. El alineamiento de las secuencias de ADN se realizó en el programa ClustalW incluido en el programa Mega 6, junto con secuencias depositadas en el GenBank, utilizando el parámetro de distancia Kimura 2 (K2P), permitieron construir un árbol de similitud por el método Neighbor-Joining (NJ) agrupando las muestras determinadas por morfología en las familias correspondientes. Estos resultados permitieron estandarizar protocolos para familias de este grupo, donde su taxonomía es dificultosa y controversial, registrando familias citadas en la literatura como de elevada importancia para la protección e incorporación de nutrientes en la planta.