An efficient and rapid protocol for plant nuclear DNA preparation suitable for next generation sequencing methods
2011
Carrier, Gregory | Santoni, Sylvain | Rodier-Goud, Marguerite | Canaguier, Aurelie | de Kochko, Alexandre | Dubreuil-Tranchand, Christine | This, Patrice | Boursiquot, Jean-Michel | Le Cunff, Loic | Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro) | Géno-vigne® (UMT Géno-vigne®) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français de la Vigne et du Vin [Siège] (IFV)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro) | Diversité et adaptation des plantes cultivées (UMR DIAPC) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2) | Développement et amélioration des plantes (UMR DAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Unité de recherche en génomique végétale (URGV) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Inglés. Premise of the study : In this study, we developed a nuclear DNA extraction protocol for Next Generation Sequencers (NGS). Methods and Results : We applied this extraction method to grapevines and coffee trees, which are known to contain many secondary metabolites. The nuclear DNA obtained was sequenced by the 454/GS-FLX method. We obtained excellent results, with less than 4% cytoplasmic DNA, in a similar way to a BAC (Bacterial Artificial Chromosome)-building protocol. We also compared our protocol with a classic DNA extraction using specific cytoplasmic DNA amplification. Results showed a lower cytoplasmic DNA contamination with the new protocol. Conclusions : The method presented here is fast and economical. The DNA obtained is of high quality, with a low level of cytoplasmic DNA contamination, and very efficient for the construction of sequencing libraries.
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Información bibliográfica
Este registro bibliográfico ha sido proporcionado por Institut national de la recherche agronomique