Crop modeling frameworks interoperability through bidirectional source code transformation
2023
Midingoyi, Cyrille Ahmed | Pradal, Christophe | Enders, Andreas | Fumagalli, Davide | Lecharpentier, Patrice | Raynal, Helene | Donatelli, Marcello | Fanchini, Davide | Athanasiadis, Ioannis | Porter, Cheryl | Hoogenboom, Gerrit | Oliveira, F.A.A. | Holzworth, Dean | Martre, Pierre | Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (LEPSE) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) | Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) | Scientific Data Management (ZENITH) ; Centre Inria d'Université Côte d'Azur (CRISAM) ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM) ; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM) | Institute of Crop Science and Resource Conservation [Bonn] (INRES) ; Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn | JRC Institute for Environment and Sustainability (IES) ; European Commission - Joint Research Centre [Ispra] (JRC) | Agroclim (AGROCLIM) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN) ; Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l’analisi dell’economia agraria = Council for Agricultural Research and Economics (CREA) | Centro di Viticoltura ed Enologia [CREA] ; Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l’analisi dell’economia agraria = Council for Agricultural Research and Economics (CREA) | Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR) | Department of Agricultural and Biological Engineering [Gainesville] (UF|ABE) ; Institute of Food and Agricultural Sciences [Gainesville] (UF|IFAS) ; University of Florida [Gainesville] (UF)-University of Florida [Gainesville] (UF) | University of Florida [Gainesville] (UF) | CSIRO Agriculture and Food (CSIRO AF) ; Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Australia] (CSIRO) | Université de Montpellier (UM) | Horizon 2020-817617 | INRAE Divisions Agro-EcoSystem and MathNum | INRAE Division AgroEcoSystem through the Modelisation du fonctionnemnet des Peuplements Cultives (MFPC) network | CIR-AD's MaCS4Plants network | ANR-16-CONV-0004,DIGITAG,Institut Convergences en Agriculture Numérique(2016)
International audience
Mostrar más [+] Menos [-]Inglés. Recently, we proposed Crop2ML, an open-source modeling framework for exchanging and reusing crop model components between modeling platforms. Here, we present an approach based on reverse engineering to automatically extract and transform meta-information and algorithms of existing crop biophysical models into a platform-independent model component. A search algorithm using Crop2ML concepts, and a many-to-one transformation system were used for producing high-level models. The system consists of parsing the code base of model components written in different languages using the ANother Tool for Language Recognition (ANTLR) parser generator and processing the generated syntax trees to produce various model implementations. The system was evaluated for three crop model components provided by the BioMA, SIMPLACE, and DSSAT platforms. We demonstrated the extensibility of our approach with the STICS, OpenAlea, and SiriusQuality modeling platforms. CyMLTx is a significant contribution towards the interoperability of crop modeling platforms and the reuse of model components beyond programming languages.
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Este registro bibliográfico ha sido proporcionado por Institut national de la recherche agronomique