Faisabilité de l’étude de la crevette invasive Hemimysis anomala par ADNe (qPCR et ddPCR)

Francés. L'introduction et la propagation des espèces exotiques envahissantes (EEE) constitue l'une des principales menaces induisant l'érosion de la biodiversité à l'échelle mondiale. La compréhension des processus d'invasion, notamment les facteurs qui favorisent ou limitent l'implémentation des EEE, est cruciale afin de prédire leurs impacts et mettre en place des stratégies de gestion efficaces. L'ADN environnemental (ADNe) est une méthode rapide, puissante et non invasive permettant de détecter et quantifier la présence des espèces dans un large éventail d'écosystèmes aquatiques. Dans le cadre de cette étude, nous avons utilisé l'approche ADNe afin de suivre la dynamique temporelle du mysidacé invasive, Hemimysis anomala (ou petite crevette rouge sang), signalé dans les grands lacs périalpins depuis moins de deux décennies. La présence de ce crustacé est généralement associée à des impacts significatifs sur les réseaux trophiques et les flux d'énergie au sein des écosystèmes envahis. En plus des observations réalisées en plongée, un échantillonnage simple et régulier des eaux de surface a eu lieu au Léman entre janvier 2021 et juin 2023, et l'ADNe d'H. anomala et de son prédateur potentiel Perca fluviatilis a été quantifié afin de mieux comprendre l'interaction possible entre les deux espèces et commencer à évaluer l'importance de la pédation par la perche pour contrôler les populations d'H. anomala. La PCR quantitative ainsi que la PCR digitale ont été testées, comparées et optimisées afin de détecter et quantifier l'ADN de nos espèces cibles dans les échantillons environnementaux. Nos résultats ont révélé des variations saisonnières et contrastées du signal d'H. anomala et P. fluviatilis. Un signal fort a été obtenu pour H. anomala en période hivernal suivi par un déclin dès le début du printemps. La prédation par la perche semble jouer un rôle non négligeable dans la diminution du signal d'H. anomala au printemps. La PCR digitale a démontré des niveaux de précision, de sensibilité et de spécificité plus importants que la PCR quantitative. Les protocoles utilisés et optimisés dans le cadre du présent travail pourront être appliqués afin de détecter et quantifier la présence d'H. anomala dans d'autres écosystèmes. Une étude plus poussée impliquant l'analyse des contenus stomacaux est à envisager afin d'évaluer l'importance de de la petite crevette rouge sang dans le régime alimentaire de la perche commune.