Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
2015
Loux, Valentin | Mariadassou, Mahendra | Almeida da Silva, Sintia | Chiapello, Hélène | Hammami, Amal | Buratti, Julien | Gendrault, Annie | Barbe, Valérie | Aury, Jean-Marc | Deutsch, Stéphanie-Marie | Nicolas, Aurélie | Parayre-Breton, Sandrine | Madec, Marie-Noelle | Chuat, Victoria | Jan, Gwénaël | Peterlongo, Pierre | Le Loir, Yves | Falentin, Hélène | Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST | Universidade Federal de Minas Gerais = Federal University of Minas Gerais [Belo Horizonte, Brazil] (UFMG) | Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Génomique métabolique (UMR 8030) ; 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UMR Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (1253).
Colloque organisé par : Pr. Catherine Béal - UFR Technologie et Procédés Alimentaires - AgroParisTech Dr. Luis Bermudez - MICALIS - Institut National de la Recherche Agronomique Dr. Marie-Christine Champomier-Verges - MICALIS - Institut National de la Recherche Agronomique, Jouy en Josas Dr. Céline Delbès - Unité de Recherches Fromagères - Institut National de la Recherche Agronomique, Aurillac Dr. Stéphanie-Marie Deutsch - STLO - Institut National de la Recherche Agronomique, Rennes Dr. Véronique Monnet - Institut National de la Recherche Agronomique, Jouy en Josas Dr. Monique Zagorec - Unité SECALIM - Institut National de la Recherche Agronomique, ONIRIS - Nantes<br/>Colloque organisé par :Pr. Catherine Béal - UFR Technologie et Procédés Alimentaires - AgroParisTechDr. Luis Bermudez - MICALIS - Institut National de la Recherche AgronomiqueDr. Marie-Christine Champomier-Verges - MICALIS - Institut National de la Recherche Agronomique, Jouy en JosasDr. Céline Delbès - Unité de Recherches Fromagères - Institut National de la Recherche Agronomique, AurillacDr. Stéphanie-Marie Deutsch - STLO - Institut National de la Recherche Agronomique, RennesDr. Véronique Monnet - Institut National de la Recherche Agronomique, Jouy en JosasDr. Monique Zagorec - Unité SECALIM - Institut National de la Recherche Agronomique, ONIRIS - Nantes
Mostrar más [+] Menos [-]Inglés. Propionibacterium freudenreichii (PF) is an actinobacterium used in cheese technology and for its probiotic properties. PF can grow on a variety of carbon and nitrogen sources. The aim of this work was to discover the genetic basis for strain-dependent traits related to its ability to use specific carbon sources. Twenty-one strains were sequenced. Each gene was attributed to either the core genome or an accessory genome. The ability of the 21 strains to degrade 50 different sugars was evaluated. Thirty-three sugars were degraded by none of the sequenced strains whereas eight sugars were degraded by all of them. The corresponding genes were present in the core genome. Lactose, melibiose were only used by some strains. The presence/absence of genes responsible for carbon uptake and degradation correlated well with the phenotypes and was in line the metabolic pathways described previously in other species. We also considered the genetic origin (transduction, rearrangement) of the corresponding genomic islands. Ribose and gluconate were to a greater or lesser extent (quantitative phenotype) degraded by some strains. For these sugars, the phenotypes correlated with the premature appearance of a stop codon interrupting protein synthesis, preventing the catabolism of corresponding sugar. These results illustrate (i) the power of correlation studies to discover the genetic basis of binary strain-dependent traits, and (ii) the plasticity of PF chromosomes, probably resulting from horizontal transfers, duplications, transpositions and an accumulation of mutations.
Mostrar más [+] Menos [-]Palabras clave de AGROVOC
Información bibliográfica
Este registro bibliográfico ha sido proporcionado por Institut national de la recherche agronomique