Caracterización molecular y epidemiología del virus influenza tipo A en porcinos de Colombia | Molecular characterization and epidemiology of type A influenza virus in pigs in Colombia

RESUMEN: Esta tesis se compone de varios capítulos. El primer capítulo describe los objetivos y el racional científico para la realización de este trabajo de investigación. El segundo capítulo comprende una revisión bibliográfica del virus de influenza tipo A (IAV), su impacto e importancia para la salud animal y la salud pública. Este capítulo permite también comprender la importancia de la vigilancia de enfermedades en el sector porcino. El tercer capítulo se detallan los resultados de un estudio observacional sobre el uso de fluidos orales porcinos para la detección molecular y monitoreo de IAV en grupos de cerdos en granjas comerciales basada en una técnica de muestreo a nivel poblacional de fácil aplicación, costo efectiva y eficiente para la vigilancia de enfermedades virales en cerdos. El cuarto capítulo corresponde a un análisis de la estructura, medidas de bioseguridad (MB) y prácticas de manejo (PM) en granjas porcinas y su relación con infección por IAV. Esta sección muestra los resultados de diferentes análisis estadísticos multivariados aplicados en datos de una encuesta obtenidos de 176 granjas porcinas con inventario mayor a 100 hembras de cría, para identificar patrones de agrupamiento de estas granjas acorde a sus características y establecer su asociación con la detección de IAV. En el quinto capítulo, se muestran los resultados de la caracterización filogenética a nivel poblacional de un grupo seleccionado de 132 aislados virales obtenidos de este trabajo. Estos análisis se realizaron con el fin de esclarecer un poco más la epidemiologia molecular y diversidad genética de los IAV en porcinos de Colombia En el último capítulo (sexto) se resaltan los principales hallazgos de este trabajo de investigación y se relaciona la información suplementaria y anexos.

ABSTRACT: This thesis is made up of several chapters. The first chapter describes the objectives and the scientific rationale for carrying out this research work. The second chapter includes a bibliographic review of the influenza virus type A (IAV), its impact and importance for animal health and public health. This second chapter also provides an understanding of the importance of disease surveillance in the pig sector. The third chapter details the results of an observational study on the use of porcine oral fluids for the molecular detection and monitoring of IAV in groups of pigs in commercial farms based on an easy-to-use, costeffective and efficient population-level sampling technique for surveillance of viral diseases in pigs. The fourth chapter corresponds to an analysis of the structure, biosecurity measures (MB) and management practices (PM) in pig farms and their relationship with IAV infection. This section shows the results of different multivariable statistical analyzes applied to survey data obtained from 176 farms by inventories over 100 sows, to identify clustering patterns of these farms according to their characteristics and establish their association with the detection of IAV. In the fifth chapter, are shown the results of the phylogenetic characterization at the population level of a selected group of 132 viral isolates obtained from this work. These analyzes were carried out in order to clarify a little more the molecular epidemiology and genetic diversity of IAV in Colombian pigs. In the last chapter (sixth) the main findings of this research work are highlighted and the supplementary information and annexes are listed.