Análisis de la influencia de la calidad de agua sobre la microbiota intestinal presente en las heces de pollos de engorde de la empresa Grupo Casa Grande

La microbiota intestinal incluye microorganismos comensales, simbióticos y patógenos que habitan dentro de organismos multicelulares complejos. Entre las principales funciones se destaca: regulación de actividades metabólicas, absorción de nutrientes y prevención de la colonización por patógenos. Sin embargo, la microbiota puede verse alterada por diversos factores como el agua, el alimento, la ingesta de antibióticos y la ubicación geográfica. En este estudio se conoció si la calidad del agua influye en la microbiota intestinal de los pollos de engorde Cobb 500 de dos granjas (San José y Las Orquídeas) pertenecientes a la empresa Grupo Casa Grande. Para ello se realizó un análisis metagenómico de amplicon del gen 16s rRNA, utilizando ADN extraído de 4 muestras de heces de los pollos de engorde. El procesamiento de datos se realizó en la plataforma Galaxy vinculada a QIIME2. El análisis de la calidad de agua estuvo dentro de los límites establecidos por las normas INEN 1108 y el Manual de Manejo de pollos Cobb 500, con excepción de la dureza del agua (granja Las Orquídeas). El índice de Shannon y el PCoA revelaron que las muestras de ambas granjas presentan una diversidad microbiana alta de OTU’s y una diferencia mínima en la composición de la comunidad microbiana. Los análisis de abundancia relativa, abundancia diferencial y alfa rarefacción mostraron que los taxones más abundantes y con mayor riqueza de la microbiota fecal fue Lactobacillus sp y Romboutsia sp. La calidad del agua de las granjas no influyó en la composición de la microbiota intestinal de los pollos.

The gut microbiota includes commensal, symbiotic, and pathogenic microorganisms that inhabit complex multicellular organisms. Among the main functions, the following stand out: regulation of metabolic activities, absorption of nutrients and prevention of colonization by pathogens. However, the microbiota can be altered by various factors such as water, food, antibiotic intake and geographical location. In this study, it was known whether water quality influences the intestinal microbiota of Cobb 500 broiler chickens from two farms (San José and Las Orquídeas) belonging to the Grupo Casa Grande company. For this purpose, a metagenomic amplicon analysis of the 16s rRNA gene was carried out, using DNA extracted from 4 fecal samples of broiler chickens. Data processing was performed on the Galaxy platform linked to QIIME2. The analysis of water quality was within the limits established by INEN 1108 standards and the Cobb 500 Chicken Management Manual, with the exception of water hardness (Las Orquídeas farm). The Shannon index and PCoA revealed that samples from both farms present a high microbial diversity of OTUs and a minimal difference in the composition of the microbial community. The analyzes of relative abundance, differential abundance and alpha rarefaction showed that the most abundant and richest taxa of the fecal microbiota were Lactobacillus sp and Romboutsia sp. The water quality of the farms did not influence the composition of the intestinal microbiota of the chickens.