Genomic evidence of genuine wild versus admixed olive populations evolving in the same natural environments in western Mediterranean Basin
2024
Zunino, Lison | Cubry, Philippe | Sarah, Gautier | Mournet, Pierre | El Bakkali, Ahmed | Aqbouch, Laila | Sidibé-Bocs, Stéphanie | Costes, Evelyne | Khadari, Bouchaib | Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Université de Montpellier (UM) | Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) | Institut national de la recherche agronomique [Maroc] (INRA Maroc) | Architecture et Fonctionnement des Espèces Fruitières [AGAP] (AFEF) ; Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | LZ received a PhD scholarship from the French government. This study was funded through Labex AGRO ANR-10-LABX-0001, project ClimOliveMed n° 2003-001 (under I-Site Muse framework) coordinated by Agropolis Fondation. | South Green Bioinformatics Platform | ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010)
All raw sequences of Olea europaea are available in the following database: ClimOliveMed; 2023;GenomiCOM: ClimOliveMed Genomic resources for research on adaptation of olive tree to climate change; European Nucleotide Archive; 2023-04-17; PRJEB61410. Snakemake workflow of the SNP calling is available here: https://forgemia.inra.fr/gautier.sarah/ClimOlivMedCapture.
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Mostrar más [+] Menos [-]Inglés. Crop-to-wild gene flow is a mechanism process widely documented, both in plants and animals. This can have positive or negative impacts on the evolution of admixed populations in natural environments, yet the phenomenon is still misunderstood in long-lived woody species, contrary to short-lived crops. Wild olive Olea europaea L. occurs in the same eco-geographical range as domesticated olive, i.e. the Mediterranean Basin (MB). Moreover, it is an allogamous and anemophilous species whose seeds are disseminated by birds, i.e. factors that drive gene flow between crops and their wild relatives. Here we investigated the genetic structure of western MB wild olive populations in natural environments assuming a homogenous gene pool with limited impact of cultivated alleles, as previously suggested. We used a target sequencing method based on annotated genes from the Farga reference genome to analyze 27 western MB olive tree populations sampled in natural environments in France, Spain and Morocco. We also target sequenced cultivated olive tree accessions from the Worldwide Olive Germplasm Bank of Marrakech and Porquerolles and from an eastern MB wild olive tree population. We combined PCA, sNMF, pairwise FST and TreeMix and clearly identified genuine wild olive trees throughout their natural distribution range along a north-south gradient including, for the first time, in southern France. However, contrary to our assumption, we highlighted more admixed than genuine wild olive trees. Our results raise questions regarding the admixed population evolution pattern in this environment, which might be facilitated by crop-to-wild gene flow.
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Este registro bibliográfico ha sido proporcionado por Institut national de la recherche agronomique