Análisis bioinformático de la secuencia de un plásmido de resistencia-virulencia de Salmonella enterica obtenida por técnicas de primera, segunda y tercera generación

Trabajo disponible en: http://hdl.handle.net/10651/38996

Este trabajo se centró en el plásmido de resistencia-virulencia pUO-STmRV1 característico del clon español variante monofásica 4,[5],12:i:- de Salmonella enterica. Dicha variante es un importante patógeno transmitido por alimentos. El objetivo del trabajo fue aplicar distintas herramientas bioinformáticas para comparar la información sobre la secuencia del plásmido obtenida por técnicas de secuenciación de primera (Sanger), segunda (Illumina y Roche 454) y tercera (SMART-PacBio) generación. Los datos aportados por Sanger y Roche 454 habían sido combinados en un trabajo previo. En el caso de Illumina y SMART-PacBio la secuencia del plásmido se obtuvo como parte de la secuencia del genoma completo de la bacteria que lo contiene. En la primera parte del trabajo se evaluó la cantidad y calidad de las secuencias obtenidas por estas técnicas. Los mejores resultados se consiguieron con SMRT-PacBio, que proporcionó la secuencia completa, en un solo contig, tanto del cromosoma (4907248 pb) como del plásmido (202354 pb). La secuencia del plásmido obtenida por Illumina, Roche 454 y Sanger/Roche 454 constituyó el 82.7%, 78,5% y 97,7% de la secuencia de PacBio, distribuidas en 21, 30 y 3 contigs, respectivamente. En segundo lugar se llevó a cabo el ensamblaje de las lecturas Illumina (cromosoma y plásmido) mediante el ensamblador de novo Velvet y el programa VelvetOptimiser. La optimización manual del parámetro k-mer de VelvetOptimizer dio lugar a 153 contigs, que corresponden al 98,3% de la secuencia PacBio utilizada como referencia. La comparación del ensamblaje optimizado con el ensamblaje automático realizado por una empresa de bioinformática reveló que, aunque el porcentaje de secuencia fue similar en los dos casos (98,3% versus 98,5%), el número de contigs fue menor (153 vs 185) y la calidad de la secuencia considerablemente superior en el primero.

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