Transposable elements, genome and epigenome dynamics : a journey to the heart of structural and functional variability | Éléments transposables, dynamique des génomes et des épigénomes : un voyage au cœur de la variabilité structurale et fonctionnelle

Inglés. Advances in genomics over the last 50 years have led to an increasingly detailed description of genome content, organization and regulation for a growing number of species. This work has highlighted the extent of structural fluidity in plant genomes, even within the same species. It has also revealed the diversity of the sequences that underpin phenotype, leading to the emergence of new concepts in the regulation of genome expression.Capable of jointly modifying genome structure and regulation, transposable elements play a key role in genome evolution. Initially described as an unimportant curiosity, they are now considered major contributors to the phenotypic variability of individuals and the evolution of organismsThroughout my career, I have been interested in understanding how genome structure evolves, and how this evolution underlies functional variation, with a particular interest in the dynamics of transposable elements in these processes. After making major contributions on transposable element dynamics and its impact on the evolution of genome size in flowering plants, I turned my research towards more functional aspects, which today lead me to study the contribution of transposable elements to species adaptation and evolution, notably through their contribution to cis-regulatory sequences of gene expression. My work has also been instrumental in the development of maize genomics and epigenomics in France, to the benefit of public and private research on this species.

Francés. Les progrès de la génomique au cours des 50 dernières années ont permis une description de plus en plus fine du contenu des génomes, de leur organisation et de leur régulation, pour un nombre croissant d’espèces. Ces travaux ont mis en évidence l’ampleur de la fluidité structurale des génomes des plantes, y compris au sein d’une même espèce. Ils ont également révélé la diversité des séquences qui sous-tendent le phénotype, faisant ainsi émerger de nouveaux concepts sur la régulation de l’expression des génomes.Capables de modifier de façon conjointe la structure et la régulation des génomes, les éléments transposables tiennent une place de premier plan dans leur évolution. D’abord décrits comme une curiosité sans importance, ils sont aujourd’hui considérés comme des contributeurs majeurs à la variabilité phénotypique des individus et à l’évolution des organismes.Au cours de ma carrière, je me suis intéressée à comprendre comment évolue la structure des génomes, et comment cette évolution sous-tend des variations fonctionnelles, avec un intérêt particulier pour la dynamique des éléments transposables dans ces processus. Après avoir produit des contributions majeures sur la dynamique des éléments transposables et son impact sur l’évolution de la taille des génomes chez les plantes à fleurs, j’ai orienté mes recherches vers des aspects plus fonctionnels, qui me mènent aujourd’hui à étudier la contribution des éléments transposables à l’adaptation et l’évolution des espèces, notamment via leur contribution aux séquences cis-régulatrices de l’expression des gènes. Mes travaux ont en outre été un levier pour le développement de la génomique et de l’épigénomique du maïs en France, au bénéfice des recherches publiques et privées sur cette espèce.