Omic data to improve the understanding of the adaptation mechanisms of heat-stressed pigs | Données omiques pour améliorer la compréhension des mécanismes d’adaptation des porcs soumis à un stress thermique

Inglés. In pig farming, elevated temperatures are one of the main factors affecting animal performance. In recent years, this issue has intensified due to the effects of climate change. My thesis work aims to increase the understanding of adaptation mechanisms to heat stress in growing pigs, based on omics approaches. Our results show that, in response to a thermal challenge, transcriptome responses vary depending on tissues and over time. This thesis has identified many key genes involved in responses to heat stress, significantly contributing to the understanding of heat adaptation mechanisms in growing pigs.Through transcriptome and metabolome analyses, we found that adaptation mechanisms are specific to different organs. Based on the number of differentially expressed genes, muscle and adipose tissue are the most affected. Still, regulatory tissues such as the pituitary gland, thyroid, and adrenal glands are much less affected. Our findings confirm that cellular responses differ during acute and chronic phases of heat exposure. Immediately after the onset of thermal stress, the energy metabolism of the cell is strongly altered. Finally, our studies show that short-term expression regulations are strongly influenced by the genotype of the animal. These results partially explain the higher sensitivity to heat of lines selected for high residual feed intake.

Francés. Dans les élevages de porcs, la chaleur constitue l’un des principaux facteurs affectant les performances des animaux. Ces dernières années, ce problème s’est intensifié en raison des effets du changement climatique. Mon travail de thèse vise à approfondir la compréhension des mécanismes d’adaptation à la chaleur chez le porc en croissance en se basant sur des approches omiques. Nos résultats montrent qu’en réponse à un challenge thermique, les réponses du transcriptome varient selon les tissus et au cours du temps. Cette thèse a permis d’identifier de nombreux gènes clefs impliqués dans les réponses au stress thermique, et d’apporter une contribution significative à la compréhension des mécanismes d’adaptation à la chaleur chez le porc en croissance. À l’aide d’analyses du transcriptome et du métabolome, nous avons pu identifier que les mécanismes d’adaptations étaient spécifiques selon les organes. Sur la base du nombre de gènes différentiellement exprimés, le muscle et le tissu adipeux sont les tissus les plus affectés. Au contraire, les tissus régulateurs comme l’hypophyse, la thyroïde et les surrénales le sont beaucoup moins. Nos résultats confirment que les réponses cellulaires ne sont pas les mêmes pendant les phases aiguës et chroniques d’exposition à la chaleur. Immédiatement après le début du challenge thermique, le métabolisme énergétique de la cellule est fortement modifié. Enfin, nos études montrent que les régulations d’expression à court terme sont fortement influencées par le génotype de l’animal. Ces résultats expliquent en partie la plus forte sensibilité à la chaleur des lignées sélectionnées pour une consommation résiduelle élevée.